CSF Emory 亚型队列（TMT）
Emory 亚型队列（TMT）原始数据与搜索 本研究使用的所有脑脊液样本均在 Emory 大学 Goizueta 阿尔茨海默病研究中心（ADRC）的管理下采集
基本信息
资源简介
CSF Emory 亚型队列（TMT）
CSF Emory Subtyping Cohort (TMT) 是一个面向阿尔茨海默病研究的脑脊液蛋白质组学数据集，归属于神经系统疾病分类下的阿尔茨海默病方向，发布来源为 synapse.org。该数据集汇集了 Emory 大学 Goizueta 阿尔茨海默病研究中心（ADRC）管理下采集的脑脊液样本，由两套此前已经处理过的脑脊液数据整合协调而成，并提供原始数据与搜索分析结果。数据集以 TMT 标记技术为基础，经过 Fragpipe 计算流程搜索、TAMPOR 批次校正以及 bootstrap 回归去除残余变异等处理步骤，形成可供亚型划分研究使用的队列数据。整体而言，该数据集的价值在于将不同来源的脑脊液蛋白质组数据统一到同一分析框架下，为阿尔茨海默病相关生物标志物与亚型研究提供原始文件与处理结果的配套资源。
【数据集背景】
该数据集服务于阿尔茨海默病研究中的脑脊液样本亚型划分需求。研究所用的全部脑脊液样本均在 Emory 大学 Goizueta 阿尔茨海默病研究中心（ADRC）的管理与授权范围内采集，具备明确的机构来源背景。数据集由两套此前已处理过的脑脊液数据协调整合而成，目的是在统一的分析与校正流程下形成一致的队列，从而支持后续的亚型分析工作。数据集同时保留原始数据与搜索分析信息，便于研究者追溯从原始文件到处理数据的完整链条。
【数据内容】
数据集包含原始数据与搜索分析结果两大部分。原始文件对应两套来源数据：Set 1 与 Set 2，二者分别存放于 synapse.org 上的独立条目，其链接在源站描述中给出。搜索分析方面，两套原始文件均通过 Fragpipe 计算套件进行分析。处理数据方面，数据集在搜索之后依次进行了批次效应校正与残余变异去除，最终形成经过协调的队列级处理数据。源站未提供样本数量、蛋白或肽段数量、TMT 标记通道数等具体规模指标。
【采集与来源】
所有脑脊液样本的采集均在 Emory 大学 Goizueta 阿尔茨海默病研究中心（ADRC）的管理下完成。数据集的两套来源数据此前均已处理过，本次工作将二者协调统一以生成该队列。原始文件可从 synapse.org 上对应的 Set 1 与 Set 2 条目获取，源站描述中给出了这两个条目的具体链接。数据集整体发布来源为 synapse.org。
【适用场景】
该数据集适用于阿尔茨海默病相关的脑脊液蛋白质组学研究，尤其是需要在统一校正框架下开展样本亚型划分的分析场景。由于数据集同时提供原始文件与 Fragpipe 搜索结果，并经过 TAMPOR 批次校正与 bootstrap 回归处理，可用于考察批次效应对脑脊液蛋白质组数据的影响，以及在此基础上开展亚型相关的探索性分析。源站未提供其他具体应用场景的说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可先从 synapse.org 下载 Set 1 与 Set 2 的原始文件，并参照源站给出的 Fragpipe 搜索信息了解分析流程。处理数据已经过两步校正：其一，使用可调中位数抛光方法（TAMPOR）去除技术性批次方差；其二，通过 bootstrap 回归去除数据中因 TMT 批次或数据集来源而残留的变异。研究者可基于这些处理数据开展下游分析，也可依据原始文件与搜索流程复现处理过程。源站未提供具体的软件版本、参数设置或操作步骤细节。
【质量与限制】
数据集通过 Fragpipe 搜索、TAMPOR 批次校正与 bootstrap 回归三步处理来控制技术变异，两套来源数据的协调整合也旨在提升队列的一致性。源站未提供样本纳入排除标准、数据完整性评估、缺失值情况或其他质量指标，亦未说明该数据集在人群代表性或临床注释方面的限制。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用时应参照 synapse.org 上对应条目的说明，并遵守数据来源机构的相关要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://synapse.org/Synapse:syn65454806
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
##Emory Subtyping Cohort (TMT) Raw Data and Search All CSF samples utilized in this study were collected under the purview of the Goizueta Alzheimer’s Disease Research Center (ADRC), at Emory University. Two previously processed sets of CSF were harmonized to produce this cohort. The raw files for these data sets may be found here: Set 1: https://www.synapse.org/Synapse:syn39193563 Set 2: https://www.synapse.org/Synapse:syn47688952 **1. Fragpipe Search Information: ** Raw files from Set 1 and Set 2 were downloaded from Synapse and analyzed using the Fragpipe Computational Suite **2. TAMPOR: **Technical batch variance was removed using a tunable median polish approach (TAMPOR) **3. Processed Data: ** Bootstrap regression was performed to remove any remaining variance within the data due to TMT batch or set
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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