NSC34运动神经元TDP43调控转录组分析：敲低与对照及野生型与TDP43 M337V突变

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-13738

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

43 kDa的transactive response DNA结合蛋白（TDP43）是一种核糖核蛋白，与多种神经退行性疾病密切相关。在正常条件下，TDP43主要定位于细胞核，在RNA代谢中发挥关键作用。其功能需要在细胞核与细胞质之间穿梭。TDP43功能障碍在包括肌萎缩侧索硬化（ALS）、额颞叶变性（FTLD）、阿尔茨海默病（AD）和帕金森病在内的神经退行性疾病发病机制中起重要作用。TDP43的一种常见功能障碍是核内耗竭和胞质聚集。此外，易于聚集的突变，如TDP43M337V突变，会加剧TDP43向细胞质的错误定位，增加神经元毒性。鉴于TDP43在RNA加工中的关键作用，其耗竭或突变会破坏转录组格局，导致RNA加工和剪接异常。在本研究中，我们采用了一种同时捕获编码和非编码RNA的文库制备方法，在NSC34运动神经元中敲低TDP43或表达突变型TDP43M337V后，生成了全面的核转录组数据集。

这一精细策略极大地增进了我们对TDP43功能障碍与细胞转录组之间复杂相互作用的理解，为TDP43蛋白病的发病机制提供了宝贵的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。