高通量计算建模肠道免疫反应的支持数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5524/100592

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

幽门螺杆菌在1-2%的病例中导致胃癌，但同时也对预防过敏和胃食管疾病有益。据估计，85%的幽门螺杆菌定植个体并未表现出任何不良影响。为了研究促进宿主对胃肠道黏膜中该细菌耐受性的机制及系统性调节效应，我们采用高性能计算驱动的肠道免疫模拟器多尺度模型，探究了由幽门螺杆菌触发的免疫调节机制动态。通过整合基于代理的模型、常微分方程和偏微分方程，模拟了免疫反应。结果：输出数据通过两个连续阶段进行分析：第一阶段采用偏秩相关系数回归法，第二阶段则运用基于元模型的全局敏感性分析。从第一阶段筛选出的有影响力参数被选中，以便在第二阶段进行变化。两个阶段的输出合并作为训练数据集，以构建时空元模型。Sobol指数衡量了在感染初期、高峰期和慢性期输入参数随时间变化的影响。

研究确定上皮细胞增殖和上皮细胞死亡是控制感染结局的关键参数。计算机验证表明，随着上皮细胞增殖减少，幽门螺杆菌的定植也减少，这与调节性巨噬细胞和耐受性树突状细胞有关。结论：幽门螺杆菌感染的混合模型确定上皮细胞增殖是胃内生态位成功定植的关键因素，并强调了耐受性树突状细胞和调节性巨噬细胞在调节宿主反应和塑造感染结局中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。