整合图谱揭示胃癌中可移植的血管壁细胞-收缩性基质程序
NCBI 的 BioProject（ID 1534554）是围绕单一倡议、来源于单一组织或联盟的生物数据集合。BioProject 记录为用户提供一个统一位置，用于查找该项目生成的不同数据类型的链接
基本信息
资源简介
整合图谱揭示胃癌中可移植的血管壁细胞-收缩性基质程序
ID 1534554 - BioProject - NCBI
NCBI 的 BioProject（ID 1534554）是围绕单一倡议、来源于单一组织或联盟的生物数据集合。BioProject 记录为用户提供一个统一位置，用于查找该项目生成的不同数据类型的链接。源站标签为 Raw sequence reads，即原始序列读段（来源 NCBI）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：BioProject 是与单一研究计划相关的一组生物学数据，源自单一机构或一个联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便找到指向该项目所生成的各种数据类型的链接。
【主题与分类】
主题标签：Raw sequence reads。本站分类：肿瘤/胃癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1534554
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1534554
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对人胃癌细胞系 MKN74 进行批量 poly-A RNA 测序，检测对象为一个未处理文库和一个经 BET 抑制剂 (+)-JQ-1（500 nM，24 h；TargetMol T2110）处理的文库。该配对提供了匹配的扰动读数，用于一项关于胃癌中血管壁-收缩性基质程序的研究。每个样本标签对应一个测序文库；每种条件一个文库，无生物学重复。文库使用链特异性 mRNA 文库试剂盒（EpiTM mRNA Library Fast Kit，Epibiotek，R1810）制备，并在 Illumina NovaSeq 6000 仪器上测序（双端，150 bp；未处理文库和 JQ1 处理文库分别为 31.1 和 27.2 百万个读段对）。使用 HISAT2 2.1.0 将读段比对到人类基因组 GRCh38，并使用 featureCounts 1.6.3 定量；基因水平 FPKM 值用于计算 JQ1 响应。两个文库的处理后基因水平计数和 FPKM 矩阵已存档于 Zenodo（https://doi.org/10.5281/zenodo.22943475）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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