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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

MET扩增胃癌细胞卡马替尼治疗转录组图谱

该数据集为 NCBI BioProject 项目 PRJNA1517599，英文名称为 Transcriptomic profiling of MET-amplified gastric cancer cells in response to capmatinib treatment，源站标题为 ID 1517599 - BioProject - NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集聚焦于 MET 扩增胃癌细胞在卡马替尼治疗条件下的转录组图谱分析，属于肿瘤 / 胃癌分类，主题标签为 Raw sequence reads。整体来看，该数据集以 BioProject 形式组织，旨在为研究者提供与特定研究计划相关的生物数据入口，便于查找和获取该项目所产生的原始序列读长数据。其研究背景涉及胃癌中 MET 基因扩增这一分子特征，以及细胞对卡马替尼治疗的转录组响应，适合关注胃癌分子机制、MET 信号通路及靶向治疗研究的人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA1517599。BioProject 是围绕某一项研究计划而组织的生物数据集合，通常由单一机构或联盟发起，并为用户提供一个统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题为 MET 扩增胃癌细胞在卡马替尼治疗下的转录组图谱分析，属于肿瘤 / 胃癌分类。MET 扩增是胃癌中一种重要的分子改变，卡马替尼则是一种针对 MET 的靶向治疗药物，因此该项目关注的是在药物干预条件下，MET 扩增胃癌细胞转录组层面的变化。源站未提供该项目的具体研究机构、联盟信息、项目启动时间及更详细的研究假设。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，表明其数据内容以原始序列读长为主。这些原始序列读长应来自对 MET 扩增胃癌细胞在卡马替尼治疗条件下所进行的转录组测序。项目英文名称明确指向“转录组图谱分析”，因此数据内容围绕转录组层面的测序读长展开。源站未提供样本数量、测序平台、读长长度、数据量大小、文件格式、是否包含处理后数据或差异表达结果等具体信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 ID 1517599 - BioProject - NCBI。其采集对象为 MET 扩增胃癌细胞，并涉及卡马替尼治疗条件。数据以 BioProject 形式组织，项目编号为 PRJNA1517599。源站未提供样本采集的具体时间、地点、细胞系名称、伦理审批信息、实验重复次数以及测序服务提供方等细节。

【适用场景】

该数据集适用于与胃癌分子机制和靶向治疗相关的转录组研究场景。具体而言，关注 MET 扩增胃癌细胞在卡马替尼治疗下基因表达变化的研究者，可以利用该项目的原始序列读长进行转录组分析。其潜在应用包括探索 MET 扩增背景下卡马替尼的转录组响应特征、筛选可能受药物影响的基因或通路，以及为后续实验验证提供数据基础。此外，该数据集也可作为肿瘤 / 胃癌分类下转录组数据资源，用于方法学比较或数据整合分析。源站未提供该数据集在特定疾病亚型、临床转化或药物耐药研究中的具体适用性说明。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式提供，用户可通过 NCBI BioProject 数据库中的项目编号 PRJNA1517599 进行访问和检索。由于主题标签为 Raw sequence reads，使用者通常需要下载原始序列读长，并按照转录组分析流程进行质控、比对、定量和差异表达分析等后续处理。源站未提供具体的下载方式、数据访问链接、分析流程建议、参考基因组版本或软件工具推荐。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开数据库记录。其主题标签为 Raw sequence reads，意味着数据主要为原始测序读长，通常需要使用者自行完成质控和后续分析。源站未提供数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应信息以及数据完整性说明。此外，源站未提供该数据集在样本量、实验设计或统计效力方面的限制说明。使用者在使用时应结合自身研究目的，对原始数据进行必要的质量评估。

【引用与许可】

该数据集的项目编号为 PRJNA1517599，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 ID 1517599 - BioProject - NCBI。源站未提供具体的引用格式、文献出处、作者列表、许可协议或使用条款。使用者在引用或使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 数据库的相关政策以及项目页面所提供的信息。源站未提供该数据集是否允许商业使用、是否需获得额外授权或是否存在数据共享限制等说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1517599

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1517599

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了MET扩增的胃癌细胞对卡马替尼治疗的转录反应。MKN45细胞经5 nM卡马替尼或溶剂对照处理48小时，随后进行RNA提取和链特异性RNA测序。目的是识别与卡马替尼诱导的自噬和凋亡相关的差异表达基因和通路，旨在阐明MET扩增胃癌的耐药机制及潜在联合治疗策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别