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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1096273：胃癌与对照胃黏膜微生物组组成及幽门螺杆菌感染状态的生物信息学流程比较

PRJNA1096273 数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，收录了胃癌与对照人群胃黏膜微生物组研究相关的 16S rRNA 原始测序数据。该数据集围绕临床明确诊断的胃癌患者（n=40，含或不含幽门螺杆菌感染）与对照（n=39，含或不含幽门螺杆菌感染）的胃活检样本展开，测序区域为 16S rRNA 的 V1-V2 区。其核心用途在于考察不同微生物组分析平台对最终黏膜微生物组特征结果的影响：研究在 5 个独立研究组中比较了 DADA2、MOTHUR 和 QIIME2 三种常用生物信息学分析软件包的表现。数据集主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），本站分类归入肿瘤 / 胃癌方向。

【数据集背景】

胃癌的发生发展与胃黏膜微生物群落的关系受到广泛关注，幽门螺杆菌（H. pylori）感染是其中重要的研究因素。然而，微生物组研究从原始测序数据到最终生物学结论之间，需要经过一系列生物信息学处理步骤，不同分析平台的选择可能影响结果的稳健性与可比性。该数据集正是针对这一问题而建立：以临床明确诊断的胃癌患者和对照的胃活检样本为对象，在包含与不包含 H. pylori 感染的样本中，系统比较 DADA2、MOTHUR 和 QIIME2 三种常用微生物组分析软件包的分析表现，从而评估分析流程差异对黏膜微生物组特征最终结果的影响。

【数据内容】

数据集包含 16S rRNA 原始测序数据，扩增区域为 V1-V2，样本来自胃活检组织。样本构成包括胃癌患者 40 例（含或不含 H. pylori 感染）和对照 39 例（含或不含 H. pylori 感染）。数据主题标签为原始序列读段，表明所提供的主要是测序产生的原始读段数据，而非经过完整分析流程处理后的丰度表或统计结果。源站未提供样本分组的具体人数分布、测序平台、读段数量、文件格式与数据量等细节。

【采集与来源】

样本采集自临床明确诊断的胃癌患者与对照人群的胃活检样本，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。研究设计涉及 5 个独立研究组，用于比较三种微生物组分析软件包（DADA2、MOTHUR 和 QIIME2）的分析结果。源站未提供具体的采样地点、采样时间、伦理审批信息及样本纳入排除标准的详细说明。

【适用场景】

该数据集适用于胃黏膜微生物组相关的生物信息学方法学研究，尤其是评估不同分析流程对微生物组特征结果影响的比较研究；也可用于胃癌与对照人群胃黏膜微生物组组成的探索性分析，以及考虑 H. pylori 感染状态的分层研究。由于提供的是原始测序读段，使用者可基于同一批数据运行不同的分析流程，复现或扩展分析平台比较类研究。源站未提供该数据集在其他具体应用场景中的验证信息。

【使用方法】

使用者可从 ncbi.nlm.nih.gov 获取该数据集的原始测序读段，并按照所选用分析软件包（如 DADA2、MOTHUR 或 QIIME2）的标准流程进行质量控制、序列去噪或聚类、分类注释及下游统计分析。由于数据集的设计目的是比较分析平台表现，建议在使用时明确记录所采用的流程与参数，以便与其他分析结果进行对照。源站未提供配套的分析代码、参数设置或运行环境说明。

【质量与限制】

该数据集的样本来自临床明确诊断的胃癌患者与对照，并区分 H. pylori 感染状态，具有一定的临床定义基础。但源站未提供测序深度、读段质量、污染控制、批次效应等方面的具体质量评估信息，也未提供样本分组人数分布等细节。此外，数据集以原始测序读段为主，最终分析结果依赖于使用者所选用的生物信息学流程，不同平台可能产生不同结果，这既是该数据集的研究主题，也是使用中需要注意的限制。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1096273

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1096273

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

源数据集涵盖了来自临床明确界定的胃癌患者（n=40；伴或不伴幽门螺杆菌（H. pylori）感染）和对照者（n=39，伴或不伴H. pylori感染）胃活检样本的16S rRNA原始测序数据（V1-V2）。这些文件用于研究不同微生物组分析平台的性能如何影响黏膜微生物组特征的最终结果。在5个独立研究组中，我们比较了三种不同且常用的微生物组分析生物信息学软件包（DADA2、MOTHUR和QIIME2）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别