PRJDB18575：胃癌来源细胞系MKN-45的单细胞分析
球状体是一种3D培养物，被认为含有大量癌症干细胞，对其进行分析可识别癌症干细胞相关分子。在此，我们对胃癌来源细胞系MKN-45在常规和球状体培养条件下进行了单细胞RNAseq分析
基本信息
资源简介
PRJDB18575：胃癌来源细胞系MKN-45的单细胞分析
PRJDB18575 数据集围绕胃癌来源细胞系 MKN-45 的单细胞分析展开，比较了常规培养与球状体（spheroid）3D 培养两种条件下的转录组特征。球状体被认为富集大量癌症干细胞，因此对其开展单细胞层面的分析有助于识别与癌症干细胞相关的分子。该数据集由单细胞 RNAseq 分析产生，属于肿瘤/胃癌分类，来源站为 ebi.ac.uk。整体而言，该数据集为在单细胞分辨率上研究胃癌细胞系在三维培养环境中的干细胞样特征提供了数据基础，可用于探索球状体培养条件下细胞状态异质性与癌症干细胞相关标志物。
【数据集背景】
胃癌是常见的恶性肿瘤之一，癌症干细胞被认为是肿瘤发生、维持与复发的重要细胞群体。传统二维培养难以充分再现体内三维微环境，而球状体作为 3D 培养物，被认为含有较大比例的癌症干细胞，因而成为研究癌症干细胞相关分子的重要体外模型。MKN-45 是胃癌来源的细胞系，该数据集正是以该细胞系为对象，在常规培养与球状体培养两种条件下开展单细胞 RNAseq 分析，目标是在单细胞基础上识别球状体中的癌症干细胞。该数据集的分类归属为肿瘤/胃癌，来源站为 ebi.ac.uk。
【数据内容】
该数据集的核心内容是胃癌来源细胞系 MKN-45 在常规培养和球状体培养条件下的单细胞 RNAseq 分析结果。数据覆盖两种培养条件，可用于比较细胞在二维常规培养与三维球状体培养下的转录组差异。源站描述指出，球状体培养被认为富集癌症干细胞，因此数据内容围绕在单细胞层面识别癌症干细胞及其相关分子展开。关于样本数量、细胞数、测序深度、基因表达矩阵的具体规模等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于对胃癌细胞系 MKN-45 的两种培养条件——常规培养与球状体培养——所进行的单细胞 RNAseq 实验。球状体为 3D 培养物，其分析旨在识别癌症干细胞相关分子。该数据集通过 ebi.ac.uk 来源站发布，英文名称为 PRJDB18575: Single cell analysis of gastric cancer-derived cell line MKN-45。关于具体的建库方法、测序平台、试剂与仪器型号、样本处理流程等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于在单细胞水平上研究胃癌细胞系 MKN-45 在球状体 3D 培养条件下的细胞异质性，特别是用于识别与癌症干细胞相关的分子和细胞状态。可用于比较常规培养与球状体培养条件下细胞转录组特征的差异，也可作为胃癌干细胞相关研究、三维培养模型评估以及单细胞分析方法验证的参考数据。由于数据基于细胞系而非临床肿瘤样本，其适用场景应限定在体外细胞模型研究范围内。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
使用者可基于该数据集开展单细胞转录组层面的比较分析，例如对比常规培养与球状体培养条件下细胞的表达谱差异，识别在球状体条件下富集或上调的细胞群体与分子特征，进而探索癌症干细胞相关标志物。分析时应结合单细胞 RNAseq 数据的常规处理流程，包括质控、标准化、降维聚类与差异表达分析等通用步骤。关于该数据集的具体文件格式、数据组织方式、配套分析代码或处理参数，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于胃癌来源细胞系 MKN-45 的体外培养模型，球状体被认为富集癌症干细胞，但这一认识属于该研究背景中的假设性描述，数据本身并不能直接等同于体内肿瘤干细胞的全部特征。由于数据仅涉及单一细胞系和两种培养条件，结论的外推需谨慎。关于数据质量指标、批次信息、重复数量、测序质量评估等具体内容，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，英文名称为 PRJDB18575: Single cell analysis of gastric cancer-derived cell line MKN-45。关于该数据集的引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB18575
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
球状体作为一种三维培养物，被认为含有大量癌症干细胞，对其进行分析能够识别出与癌症干细胞相关的分子。本研究对胃癌来源的细胞系MKN-45在正常培养与球状体培养条件下进行了单细胞RNA测序分析，旨在单细胞水平上识别球状体中的癌症干细胞。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
