PRJDB16999：小鼠胃癌细胞RNA-seq
我们利用K19-Wnt1/C2mE转基因（GAN）小鼠建立了小鼠胃癌细胞系（GAN-KP细胞）。鉴于Cdh1基因在细胞黏附中的作用，本研究在GAN-KP中敲除了Cdh1基因，获得了GAN-KP Cdh1-KO（GAN-KPC）细胞
基本信息
资源简介
PRJDB16999：小鼠胃癌细胞RNA-seq
PRJDB16999 是一项针对小鼠胃癌细胞的 RNA-seq 数据集，聚焦于 Cdh1 基因敲除前后基因表达差异的比较。研究者利用 K19-Wnt1/C2mE 转基因（GAN）小鼠建立了小鼠胃癌细胞系 GAN-KP，并鉴于 Cdh1 基因在细胞黏附中的作用，在 GAN-KP 中敲除 Cdh1 基因，获得 GAN-KP Cdh1-KO（GAN-KPC）细胞。项目对 GAN-KP 与 GAN-KPC 两种细胞进行转录组测序比较，每种细胞设置三个重复，共纳入 6 个样本。该数据集属于肿瘤/胃癌方向，来源于 ebi.ac.uk，可为研究 Cdh1 缺失对小鼠胃癌细胞基因表达的影响提供转录组层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集围绕小鼠胃癌细胞系的建立与基因修饰展开。研究者从 K19-Wnt1/C2mE 转基因（GAN）小鼠中建立了小鼠胃癌细胞系 GAN-KP。Cdh1 基因在细胞黏附中具有作用，因此本研究进一步在 GAN-KP 细胞中敲除 Cdh1 基因，得到 GAN-KP Cdh1-KO（GAN-KPC）细胞。项目的核心目的在于比较 GAN-KP 与 GAN-KPC 两种小鼠胃癌细胞之间基因表达的差异，从而在转录组水平上观察 Cdh1 敲除所带来的表达变化。该数据集归入肿瘤/胃癌分类，适合作为胃癌细胞模型基因表达研究的参考数据。
【数据内容】
数据内容为小鼠胃癌细胞 GAN-KP 与 GAN-KPC 的 RNA-seq 数据。实验设计上，每种类型的细胞设置三个重复，合计 6 个样本纳入本项目。样本类型为经过 RNA 提取并质控合格的总 RNA 所构建的测序样本。数据所对应的生物学对象明确：一组为未敲除 Cdh1 的 GAN-KP 细胞，另一组为敲除 Cdh1 后的 GAN-KPC 细胞。通过两组样本的转录组测序结果，可对两种细胞间的基因表达差异进行比较分析。除上述样本数量与分组信息外，源站未提供更多关于测序读长、测序平台、数据量或文件格式的具体说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk。样本材料为小鼠胃癌细胞系 GAN-KP 及其 Cdh1 敲除衍生细胞 GAN-KPC。总 RNA 的分离使用 RNeasy Mini Kit 完成，随后在 Agilent 2100 bioanalyzer（Agilent）上评估总 RNA 的浓度与纯度。只有 RNA 完整性数值（RNA integrity number）大于 8.0 的样本才用于测序，这一质控门槛保证了进入测序环节的 RNA 具有较好的完整性。每种细胞三个重复、共 6 个样本的设计，为后续比较两种细胞间的基因表达差异提供了样本基础。关于测序文库构建方法、测序平台及原始数据的具体存放位置，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于比较小鼠胃癌细胞 GAN-KP 与 Cdh1 敲除细胞 GAN-KPC 之间基因表达差异的研究场景。由于 Cdh1 基因与细胞黏附相关，该数据可用于围绕 Cdh1 缺失对胃癌细胞转录组影响的分析，例如差异表达基因筛选、表达模式比较等。其肿瘤/胃癌分类属性也使其可作为胃癌细胞模型转录组研究的参考数据。数据集包含每种细胞三个重复，适合开展需要生物学重复支持的组间比较分析。对于其他类型的研究用途，源站未提供相应说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可将 GAN-KP 与 GAN-KPC 各三个重复的 RNA-seq 样本按细胞类型分为两组，进行组间基因表达差异比较。分析前应关注样本的 RNA 质量信息，本项目仅纳入 RNA 完整性数值大于 8.0 的样本用于测序，这一质控条件可作为理解数据质量的依据。由于每种细胞设有三个生物学重复，组间比较时可利用重复信息评估表达变化的稳定性。关于具体的比对流程、表达定量方法、差异分析软件及参数设置，源站未提供，需依据数据实际格式另行确定。
【质量与限制】
该数据集在样本层面设置了三种细胞三个重复、共 6 个样本的设计，并在测序前对总 RNA 进行了浓度、纯度评估以及 RNA 完整性数值筛选，仅使用 RNA 完整性数值大于 8.0 的样本测序，体现了样本入组时的质量控制要求。其限制在于：样本数量为 6 个，仅涉及 GAN-KP 与 GAN-KPC 两种细胞，比较范围有限；源站未提供测序深度、平台、读长、数据文件格式及具体质控统计等细节，使用者在分析前需自行核实数据文件的完整性与可用性。此外，源站未提供关于批次信息或其它潜在混杂因素的说明。
【引用与许可】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，英文名称为 PRJDB16999: RNA-seq of mouse gastric cancer cells。关于数据集的引用方式与使用许可条款，源站未提供，使用者在引用或再利用该数据前应查阅源站的相关说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB16999
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们已经从K19-Wnt1/C2mE转基因(GAN)小鼠中建立了小鼠GC细胞系(GAN-KP细胞)。鉴于Cdh1基因在细胞黏附中的作用，本研究在GAN-KP中敲除了Cdh1基因，获得了GAN-KP Cdh1-KO(GAN-KPC)细胞。旨在比较小鼠胃癌细胞GAN-KP与GAN-KPC中基因表达的差异。每种细胞进行三次重复，本项目共纳入6个样本。使用RNeasy Mini Kit分离总RNA，并在Agilent 2100生物分析仪(Agilent)上评估总RNA浓度和纯度。RNA完整性数值>8.0的样本用于测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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