奶牛早期妊娠DNA甲基化与转录组学特征分析 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE274886

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数据说明

DNA甲基化是一种参与细胞分化、增殖、凋亡和代谢的重要表观遗传机制。然而，奶牛妊娠早期相关基因的DNA甲基化变化仍不清楚。本研究旨在探究妊娠早期奶牛的DNA甲基化相关变化，并构建与妊娠相关的基因池。本研究采用15头健康、生产性能良好且体况相近的奶牛在配种后30天（Pre30）的外周血样本，以及10头未妊娠奶牛（Ctrl）的样本，利用简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）和转录组测序方法进行关联分析。采用靶向亚硫酸氢盐测序（TBS）和实时定量PCR（RT-qPCR）方法对甲基化差异基因进行验证。研究结果表明，DNA甲基化主要发生在胞嘧啶-鸟嘌呤（CG）区域，且在3’非翻译区、内含子和启动子中，低甲基化的数量高于高甲基化。共鉴定出76530个差异甲基化位点（DMCs）和16411个差异甲基化区域（DMRs）。

RNA-seq鉴定出8858个差异表达基因（DEGs），其中下调DEGs 4499个，上调DEGs 4359个。然而，存在44个显著差异表达基因，包括25个上调DEGs和19个下调DEGs。DMC基因本体（GO）分析显示，在生物学过程（BP）中显著富集于发育过程、细胞分化和神经系统发育；京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析表明，显著富集于癌症总览以及细胞与胃癌和免疫疾病信号通路。DMRs GO分析突出显示显著富集于发育过程、细胞分化和神经系统发育；KEGG结果显示，显著富集于调控干细胞多能性的信号通路、系统性红斑狼疮、转录误调

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。