E-MTAB-8135:10例胃癌与10例癌旁正常胃组织的全局基因表达谱

该数据集来自 EBI Expression Atlas,包含 10 例胃癌(GC)样本与 10 例胃癌旁正常组织(gNAT)样本的全局基因表达谱,物种为 Homo sapiens

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基因组分类Differential
E-MTAB-8135: Global gene expression profiles of 10 gastric cancer (GC) samples and 10 gastric normal adjacent tissue (gNAT) samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

E-MTAB-8135:10例胃癌与10例癌旁正常胃组织的全局基因表达谱

E-MTAB-8135 数据集来自 EBI Expression Atlas,属于肿瘤领域中胃癌方向的一项差异表达实验。该数据集收录了智人(Homo sapiens)的全局基因表达谱,样本由 10 例胃癌(GC)样本与 10 例胃癌旁正常组织(gNAT)样本组成,共计 20 例样本。数据集以“Differential”为主题标签,表明其核心用途在于比较胃癌组织与癌旁正常组织之间的基因表达差异,为识别在肿瘤发生发展中表达发生改变的基因提供数据基础。整体而言,该数据集规模适中、分组明确,适合作为胃癌转录组差异表达分析与验证的公开数据资源。

【数据集背景】

胃癌是全球范围内常见的消化道恶性肿瘤之一,其发生发展涉及大量基因表达层面的改变。要理解肿瘤组织与正常组织之间的分子差异,需要在转录组水平上对两类样本进行系统比较。E-MTAB-8135 正是围绕这一需求构建的差异表达实验,通过对比胃癌样本与胃癌旁正常组织样本的全局基因表达谱,为揭示胃癌相关表达变化提供实验数据。该数据集归属于肿瘤/胃癌分类,来源站为 ebi.ac.uk,是 EBI Expression Atlas 中的一项实验记录。

【数据内容】

数据集包含 10 例胃癌(GC)样本和 10 例胃癌旁正常组织(gNAT)样本的全局基因表达谱,物种为 Homo sapiens。两类样本数量相等,构成典型的病例—对照分组结构,便于开展组间差异比较。数据集的主题标签为“Differential”,说明其内容组织围绕差异表达分析展开。关于具体的基因数量、表达定量单位、平台信息等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,是 EBI Expression Atlas 中的一项实验(Differential)。源站描述明确其物种为 Homo sapiens,并说明其内容为 10 例胃癌样本与 10 例胃癌旁正常组织样本的全局基因表达谱。关于样本采集地点、采集时间、临床信息及实验平台等具体内容,源站未提供。

【适用场景】

基于其病例—对照设计,该数据集适用于胃癌与癌旁正常组织之间基因表达差异的比较研究,可用于筛选差异表达基因、考察胃癌相关表达改变模式,也可作为转录组分析流程的示例数据或与其他胃癌表达数据联合分析的参考资源。关于该数据集在具体研究中的适用性验证结论,源站未提供。

【使用方法】

使用时可依据样本分组信息,将 10 例胃癌样本与 10 例胃癌旁正常组织样本分别归组,开展组间差异表达比较。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤与推荐分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量为 20 例,分组均衡,但关于样本的临床特征、批次信息、数据质量控制指标等,源站未提供。因此在使用时对数据质量的评估需以源站记录为准,源站未提供的部分不应作额外推断。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-8135

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Global gene expression profiles of 10 gastric cancer (GC) samples and 10 gastric normal adjacent tissue (gNAT) samples

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