PXD002471：定量组蛋白质谱鉴定黑色素瘤中升高的组蛋白H3赖氨酸27三甲基化

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002471

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

正常细胞生长的特征在于一个受调控的表观遗传程序，该程序驱动基因转录、DNA复制和DNA损伤修复等细胞活动。这一表观遗传程序的扰动可导致基因转录失调及癌症等疾病的发生。为了初步理解与黑色素瘤发展相关的表观遗传程序，我们对黑色素瘤细胞培养中失调的组蛋白翻译后修饰进行了定量质谱分析。发现侵袭性黑色素瘤细胞中组蛋白H3第27位赖氨酸三甲基化（H3K27me3）水平升高，同时负责添加这一特定修饰的甲基转移酶EZH2过度表达。导致黑色素瘤细胞培养中H3K27me3升高的这一改变的表观遗传程序，直接沉默了抑癌基因RUNX3的转录。H3K27me3水平升高及RUNX3转录沉默也在晚期人类黑色素瘤组织中得到验证。

本研究强调了使用高分辨率质谱技术在识别如癌症等疾病中失调的表观遗传程序方面的实用性，这最终可能有助于发现用于诊断和预后应用的生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。