PRJNA1151223：器官型3D人皮肤模型的长读长转录组测序
该数据集为器官型3D人皮肤模型的长读长转录组测序数据，包含HaCaT表皮等效物与真皮等效物在有/无整合gd T细胞条件下的基因表达谱比较，以及由皮肤鳞状细胞癌细胞系SCC13构建的皮肤癌等效物在有/无gd T细胞条件下的转录组测序数据
基本信息
资源简介
PRJNA1151223：器官型3D人皮肤模型的长读长转录组测序
PRJNA1151223 是一项针对器官型3D人皮肤模型的长读长转录组测序数据集，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在本站归入肿瘤/皮肤癌分类。该数据集围绕一项研究γδ（gd）T细胞在皮肤中作用的工作展开：研究者将gd T细胞整合进全层皮肤等效物，并对HaCaT表皮等效物与真皮等效物在有、无整合gd T细胞条件下的基因表达谱进行比较；同时，还纳入了由皮肤鳞状细胞癌细胞系SCC13构建的皮肤癌等效物在有、无gd T细胞条件下的转录组测序数据。该研究旨在建立具备人gd T细胞成分的皮肤及皮肤癌等效物模型，为研究gd T细胞在此背景下的功能与分子后果提供实验体系。数据集的主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。
【数据集背景】
该数据集对应的研究关注人皮肤中驻留的γδ（gd）T细胞。为在体外模拟其作用，研究建立了全层皮肤等效物并将gd T细胞整合其中，形成所谓gd T细胞 competent 的皮肤模型。源站描述指出，该研究展示了成功建立含人gd T细胞的人皮肤等效物与皮肤癌等效物，这些模型可用于研究gd T细胞在该背景下的功能与分子后果，并有助于加深对皮肤中gd T细胞的理解。数据集即为支撑该研究结论的测序数据集合。
【数据内容】
数据集包含长读长转录组测序数据，具体覆盖两类模型体系：其一为HaCaT表皮等效物与真皮等效物，分别在整合gd T细胞与未整合gd T细胞的条件下进行测序，并比较其基因表达谱；其二为利用皮肤鳞状细胞癌细胞系SCC13生成的皮肤癌等效物，在存在与不存在gd T细胞的条件下进行转录组测序。数据以原始序列读段（Raw sequence reads）形式提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为“PRJNA1151223: Long read transcriptome sequencing of organotypic 3D human skin models”。测序对象为上述器官型3D人皮肤模型及皮肤癌等效物。其余关于样本采集地点、时间、测序平台型号与试剂等具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究gd T细胞在皮肤及皮肤癌微环境中的功能与分子效应，可用于比较有无gd T细胞整合时皮肤等效物的基因表达差异，也可用于皮肤鳞状细胞癌相关等效物模型的转录组分析。对于希望借助体外3D皮肤模型探索皮肤驻留gd T细胞作用的科研工作，该数据具有参考价值。具体分析类型与下游应用方向，源站未提供。
【使用方法】
使用者可依据原始序列读段开展转录组层面的表达谱比较分析，围绕HaCaT表皮等效物、真皮等效物以及SCC13来源皮肤癌等效物在有/无gd T细胞条件下的差异进行解读。关于数据下载方式、文件组织、比对与定量流程等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为原始序列读段，未提供经过处理的表达矩阵或质控汇总信息；样本数量、测序深度、读长分布等质量相关指标，源站未提供。使用时应注意到模型体系基于HaCaT细胞系与SCC13细胞系构建，其结论外推到原代人皮肤或临床样本时需谨慎。其余限制条件源站未提供。
【引用与许可】
该数据集对应一篇题为“gamma delta (gd) T cells integrated in full thickness skin equivalents: a model for the role of human skin-resident gd T cells”的稿件，使用时应引用该研究及数据集登录号PRJNA1151223。关于许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1151223
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含题为“整合于全层皮肤等效物中的γδ（gd）T细胞：人皮肤驻留γδ T细胞作用模型”的手稿的测序数据。具体而言，对HaCaT表皮等效物和真皮等效物进行了测序，并将基因表达谱与整合和未整合γδ T细胞的两种模型进行了比较。该数据集还包含由皮肤鳞状细胞癌细胞系SCC13在存在和不存在γδ T细胞时生成的皮肤癌等效物的转录组测序数据。本研究证明成功建立了具有人γδ T细胞能力的皮肤及皮肤癌等效物，为在此背景下研究γδ T细胞的功能和分子后果提供了模型。综上所述，所建立的模型将有助于加深对皮肤中γδ T细胞的理解，并探索其在皮肤癌中的治疗潜力。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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