用于三维病理的开放式Bessel光束双光子光片显微镜

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A58fbecadb5979b644c1f4449acc6f01fce0c35b234228ff20b6e14a367281da6

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基于三维（3D）光学显微镜的无损病理学有望通过高通量方式提供细胞信息，成为传统破坏性苏木精-伊红（H&E）染色玻片病理学的补充。然而，由于成像深度较浅，传统技术仅能提供表面信息。在此，我们开发了开放式双光子光片显微镜（OT-TP-LSM），用于术中3D病理学检查。通过扫描无衍射贝塞尔光束生成了扩展景深的双光子激发光片，并在组织标本横向平移过程中使用相机以最高400帧/秒的速度进行选择性平面成像。收集内源性二次谐波产生信号以额外实现细胞外基质（ECM）可视化。OT-TP-LSM在包括皮肤、胰腺和前列腺在内的多种人类癌症标本中进行了测试。

由于长激发波长和长波长……，实现了高成像深度，，，# 开顶式贝塞尔光束双光子光片显微镜用于三维病理学 https://doi.org/10.5061/dryad.pk0p2ngwn 该数据集包含支持题为“开顶式贝塞尔光束双光子光片显微镜用于三维病理学”研究的图像和代码，该研究发表于eLife (https://doi.org/10.7554/eLife.92614.2)) ## 数据和文件结构说明 该数据集包含来自皮肤（癌症）、胰腺（正常、癌前、癌症）、前列腺（良性、癌症）的OT-TP-LSM和H&E图像数据集。此外，还包括用于训练循环一致性生成对抗网络（CycleGAN）以生成虚拟H&E的胰腺OT-TP-LSM和H&E图像。图2中使用的两个基底细胞癌（BCC）皮肤癌图像数据集在本数据库中表示为： SkinCancer_.zip和SkinCancer_H_E.zip **正常和导管内乳头状……的图像数据集

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。