健康人皮肤与基底细胞癌中细胞群体的多尺度空间图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/34f12de7-c5e5-4813-a136-832677f98ac8

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对人类皮肤细胞如何根据解剖部位和肿瘤形成而存在差异的理解仍然有限。为解决这一问题，我们构建了健康皮肤和基底细胞癌（BCC）的多尺度空间图谱，整合了体内光学相干断层扫描、单细胞RNA测序、空间全局转录谱分析和原位测序。计算空间解卷积和投影揭示了不同细胞群体在特定组织背景中的定位。尽管细胞群体在健康解剖部位和BCC之间是保守的，但包括成纤维细胞和周细胞在内的间充质细胞群体保留了发育起源的特征。空间谱分析和计算机谱系追踪支持BCC起源于毛囊，并表明癌症相关成纤维细胞是健康皮肤中与毛囊相关的POSTN+亚群的扩增。RGS5+周细胞在BCC中 also 扩增，提示其在血管重塑中发挥作用。

我们提出，间充质细胞群体的身份是由邻近结构发出的信号所调控的，并且这些信号被重新利用以促进皮肤癌基质的扩张。我们所创建的资源以交互式格式公开提供给研究界。疾病：基底细胞癌，正常。组织：臂部皮肤，眉间皮肤，腹部腹股沟部分，鼻部皮肤，耻骨，头皮，腹部皮肤，背部皮肤。检测方法：10x 3‘ v1，10x 3’ v2，10x 3‘ v3，Visium空间基因表达V1。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。