MGYS00006648：16例大疱性表皮松解症患者皮肤微生物组特征分析

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00006648

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

大疱性表皮松解症（EB）是一组异质性大疱性疾病，其特征为轻微机械创伤后上皮脱离。其表型谱广泛，包括持续性水疱形成、炎症、再上皮化延迟、伤口愈合异常和频繁感染，导致残疾，最严重者甚至死亡。人类皮肤微生物组已适应产生抑制病原微生物定植的分子。在 EB 患者中，皮肤屏障被破坏，共生微生物与病原微生物之间的平衡发生改变。了解 EB 患者微生物群落的变化，可能带来新的治疗靶点，从而改善疾病管理。我们采用全基因组测序来研究和表征从健康皮肤微生物组向 EB 相关皮肤微生物组的转变。具体而言，我们采集了水疱、水疱形成时及 48 小时后水疱周围的健康皮肤，以及健康对照者和 EB 患者的干燥皮肤和足部皮肤样本。EB 患者的足部皮肤微生物群显示放线菌目相对丰度降低，放线菌目可产生具有抗生素、抗真菌和抗癌特性的次级代谢产物。此外，我们在 EB 患者的干燥皮肤中观察到皮肤共生菌球形马拉色菌（Malasezia globosa）显著减少，该菌已知可限制并减弱金黄色葡萄球菌生物膜形成，保护宿主免受感染。重要的是，我们发现这种真菌菌群失调与 EB 患者伤口愈合过程中水疱及周围区域金黄色葡萄球菌相对丰度增加相关。这些时空变化可能参与非典型伤口愈合、伤口感染和皮肤癌风险增加的病理生理过程。进一步了解所报道的菌群失调，可能为改进干预措施提供机会，从而改善生活质量。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。