基于mRNA的个体化新抗原癌症疫苗（针对自体肿瘤表达的新抗原）

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT03480152

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：黑色素瘤、结肠癌、胃肠道癌症、泌尿生殖系统癌症、肝细胞癌。背景：* 针对癌症的治疗性疫苗接种已被证明极具挑战性，临床获益甚微。* 针对非病毒性肿瘤的疫苗主要靶向分化抗原、癌睾丸抗原和过表达抗原。然而，胸腺中对这些正常非突变抗原的负选择严重限制了产生高亲和力抗癌T细胞的能力。这种耗竭会损害其抗肿瘤活性并限制肿瘤清除。* 美国国家癌症研究所外科分部（NCI-SB）已开发出一套流程，用于鉴定源自新抗原的免疫原性T细胞表位。* 在最近的研究中，我们鉴定了被肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）识别的新抗原，这些TIL介导了转移性黑色素瘤患者的肿瘤消退。通过对切除的转移性结节进行全外显子组测序，随后进行高通量免疫学筛选，我们能够证明肿瘤消退与所输入的TIL识别癌症中发生的独特体细胞突变相关。

• 我们还发现，来自32例患有多种转移性胃肠道癌症患者中29例的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）含有能识别该患者癌症中呈现的独特突变的淋巴细胞。 * 因此，我们旨在利用这一流程来识别免疫原性新抗原，并预测来自黑色素瘤或上皮癌患者的新抗原与患者人类白细胞抗原（HLA）分子的结合，进而利用这些表位制备个体化治疗性信使核糖核酸（mRNA）疫苗。 目标 主要目标： * 确定接受NCI-4650治疗的转移性黑色素瘤、胃肠道癌或泌尿生殖系统癌症患者的临床缓解率 * 确定NCI-4650在转移性黑色素瘤、胃肠道癌或泌尿生殖系统癌症患者中的安全性 入选标准 * 年龄大于或等于18岁且小于或等于70岁 * 可评估的转移性黑

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。