早期分泌途径糖蛋白分析数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD035541

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

蛋白质错误折叠是多种疾病的成因之一，因此，对错误折叠蛋白组分的分析是转化研究的主要目标之一。在此，我们报告了一套工作流程及其相关数据集，重点分析黑色素瘤细胞的早期分泌途径（ESP）糖蛋白（gESP）。我们的结果通过分析肽链和聚糖链，提供了ESP糖蛋白成员的概览。此外，我们还提供了经kifunensine（一种免疫调节剂）处理的细胞的定量分析，该药物可阻断I类甘露糖苷酶对送往降解的错误折叠或未折叠糖蛋白的加工。我们的数据集提供了ESP糖蛋白主要货物的概览，为糖蛋白相关的内质网相关降解（ERAD）提供了新的候选分子，这些分子可能参与黑色素瘤抗原呈递。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。