人黑色素瘤条件培养基诱导人B细胞的RNA-Seq
该数据集来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验,英文名为 E-MTAB-7472,研究人黑色素瘤条件培养基诱导后人B细胞的 RNA-Seq 表达情况

基本信息
资源简介
人黑色素瘤条件培养基诱导人B细胞的RNA-Seq
E-MTAB-7472 是一项收录于 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集,英文全称为 RNA-Seq of human B cells after induction by human melanoma conditioned medium,中文可理解为用人黑色素瘤条件培养基诱导人B细胞后开展的 RNA-Seq 表达研究。该数据集在本站归入肿瘤 / 皮肤癌分类,主题标签为 Differential,即差异表达。其核心研究对象是人B细胞在黑色素瘤条件培养基刺激条件下的转录组表达变化,物种为 Homo sapiens。整体来看,该数据集提供了一个以 RNA-Seq 为技术手段、聚焦肿瘤微环境相关条件培养基对免疫细胞影响的差异表达实验记录,适合用于了解黑色素瘤微环境信号与B细胞表达响应之间的研究场景。
【数据集背景】
该数据集来自 EBI Expression Atlas,属于其中的差异表达实验类型。Expression Atlas 是面向基因表达实验的公共资源,汇集了多种物种与实验条件下的表达数据。E-MTAB-7472 的研究主题围绕人黑色素瘤条件培养基对人B细胞的诱导作用,属于肿瘤 / 皮肤癌相关研究方向。其背景意义在于:黑色素瘤细胞分泌到培养基中的可溶性因子可能对免疫细胞产生影响,而该实验通过条件培养基处理人B细胞并开展 RNA-Seq,从转录组层面记录这一诱导过程后的表达情况。源站将其标注为 Differential,说明该实验的设计与分析重点在于比较处理前后的差异表达。
【数据内容】
该数据集的内容为 RNA-Seq 表达数据,实验材料为人B细胞,处理条件为经人黑色素瘤条件培养基诱导。物种为 Homo sapiens。源站描述明确其为 Expression Atlas experiment (Differential),主题标签为 Differential,表明数据组织围绕差异表达结果展开。关于具体样本数量、测序平台、读长、比对流程、差异表达基因数目及阈值等信息,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,即 EBI Expression Atlas。源站描述给出的信息包括实验类型(Differential)、物种(Homo sapiens)以及实验主题(RNA-Seq of human B cells after induction by human melanoma conditioned medium)。关于样本采集地点、供体信息、伦理审批、实验时间、测序机构等具体采集细节,源站未提供。
【适用场景】
基于其差异表达实验属性,该数据集适用于研究人黑色素瘤条件培养基刺激对人B细胞转录组影响的场景,例如探索肿瘤微环境分泌因子与B细胞表达响应之间的关系。也可作为肿瘤 / 皮肤癌相关表达数据资源,用于差异表达分析方法的参考或与其他B细胞表达研究进行对照。由于源站未提供样本量、平台与统计阈值等细节,具体分析适用性需结合源站原始记录判断。
【使用方法】
该数据集可通过 EBI Expression Atlas 获取,实验编号为 E-MTAB-7472。使用者可按差异表达实验的常规方式,围绕处理条件与对照之间的表达变化进行检索与查看。关于下载格式、分析流程、标准化方法及可视化工具等具体使用说明,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 Expression Atlas 收录的差异表达实验,来源站为 ebi.ac.uk,具备公共资源收录背景。其限制在于:当前可获得的信息仅涵盖实验名称、物种、实验类型与主题标签,样本数量、测序深度、重复设置、统计方法及差异表达阈值等关键质量信息源站未提供,因此无法据此评估数据的具体质量水平。使用时应以源站原始记录为准。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。使用或再分发前应查阅 EBI Expression Atlas 及 E-MTAB-7472 原始页面的相关规定。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7472
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-Seq of human B cells after induction by human melanoma conditioned medium
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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