TCGA-UVM 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集已转换为 DICOM 表示形式,并由 IDC 团队收录

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2026-10-07 更新
浏览 9
医学影像分类肿瘤皮肤癌葡萄膜黑色素瘤TCGA-UVMDICOM全切片图像IDC
DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-UVM collection

基本信息

模态
医学影像
大小
0.000052729 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 3.0 Unported
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

TCGA-UVM 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-UVM collection 是一个面向肿瘤研究领域的公开影像数据集,其内容对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)所提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集已转换为 DICOM 表示形式,并由 IDC 团队完成收录。数据集在站点分类中归属于肿瘤 / 皮肤癌方向,来源站为 doi.org,由 Zenodo 机构发布,发布时间为 2026 年,采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可协议。该数据集围绕 TCGA-UVM 集合构建,旨在为葡萄膜黑色素瘤相关研究提供标准化的影像资源,便于研究者通过 IDC Portal 进行浏览、可视化与后续分析。

【数据集背景】

葡萄膜(眼内或眼部)黑色素瘤发生于葡萄膜的色素细胞,葡萄膜是眼球的中层结构。葡萄膜由三个主要部分组成:虹膜、睫状体和脉络膜。与虹膜肿瘤相比,睫状体和脉络膜肿瘤往往更大,且更可能扩散至身体其他部位。TCGA 研究了来自葡萄膜全部三个部位的肿瘤。该数据集正是与 TCGA-UVM 集合相对应的影像资源,其背景与葡萄膜黑色素瘤的影像学研究密切相关。关于图像本身的更多信息,可参阅 TCGA-UVM 信息页面。

【数据内容】

该数据集对应于一组图像和/或图像衍生数据,这些数据来自美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)。数据集已被转换为 DICOM 表示形式,并由 IDC 团队收录。数据集英文名中明确包含“Slide Microscopy images”,表明其内容涉及幻灯片显微图像。此外,该 Zenodo 记录中包含可用于下载该集合的清单文件(manifests),用户可按照下载说明获取相应数据。除上述内容外,源站未提供关于图像数量、分辨率、存储大小、具体文件结构等更详细的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集的来源为美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC),原始数据由 IDC 提供,随后由 IDC 团队转换为 DICOM 表示形式并完成收录。数据集通过 doi.org 来源站发布,发布机构为 Zenodo。作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 和 Fedorov, Andrey。发布时间为 2026 年。关于具体的采集设备、采集地点、采集时间、扫描参数等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与葡萄膜黑色素瘤相关的影像学研究,尤其是针对虹膜、睫状体和脉络膜三个部位肿瘤的图像分析。由于数据已转换为 DICOM 表示形式,可用于支持医学影像处理、可视化以及图像衍生数据的进一步研究。用户可以通过 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。此外,借助 Zenodo 记录中提供的清单文件,用户可按照下载说明获取该集合,用于本地分析或与其他 TCGA-UVM 相关数据结合使用。关于该数据集在具体研究任务中的验证结果或推荐用途,源站未提供。

【使用方法】

用户可以通过 IDC Portal 探索和可视化该数据集对应的图像。若需下载该集合,可使用 Zenodo 记录中包含的清单文件(manifests),并按照下载说明进行操作。数据集以 DICOM 表示形式提供,因此适合支持 DICOM 标准的工具和流程进行处理。关于具体的下载步骤、工具配置、数据加载方式等操作细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集由 IDC 团队完成 DICOM 转换与收录,并提供了清单文件以支持下载。关于数据质量、标注完整性、图像分辨率、覆盖范围、潜在偏差或使用限制等信息,源站未提供。用户在使用时应参考 TCGA-UVM 信息页面以及 IDC Portal 中的相关说明,以了解可能的适用范围和限制。

【引用与许可】

该数据集采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可协议,允许在署名条件下使用。作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 和 Fedorov, Andrey,发布机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。引用时应遵循该许可协议的要求,并参考来源站 doi.org 上的记录信息。关于具体的引用格式或附加引用要求,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.22837091

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 52.7 KB。

数据说明

本数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一系列图像及/或源自图像的数据。该数据集已被IDC团队转换为DICOM格式并收录。您可以通过IDC Portal探索并可视化相应的图像。利用本Zenodo记录中包含的清单文件,按照下方下载指南即可下载该数据集。葡萄膜(眼内或眼部)黑色素瘤发生在葡萄膜的色素细胞中,葡萄膜是眼球的中层。葡萄膜由三个主要部分组成:虹膜、睫状体和脉络膜。与虹膜的肿瘤相比,睫状体和脉络膜的肿瘤往往更大,且更可能扩散到身体其他部位。TCGA研究了来自葡萄膜所有三个部分的肿瘤。请参阅TCGA-UVM信息页面,以了解更多关于这些图像的信息,并获取该集合的任何支持性元数据。引用指南可在“在出版物和演讲中引用TCGA”信息页面找到。包含的文件清单文件的名称表明了该集合数据版本首次引入的IDC数据发布版本。

例如,tcga_uvm-idc_v22-aws.s5cmd 对应于 IDC 数据发布 v22 中引入的 tcga_uvm 集合的内容。tcga_uvm-idc_v25-aws.s5cmd:AWS 下载清单 tcga_uvm-idc_v25-gcs.s5cmd:GCS 下载清单 tcga_uvm-idc_v25-dcf.dcf:DCF 下载清单 以 -aws.s5cmd 结尾的清单文件引用 Amazon Web Services (AWS) 存储桶中的文件;以 -gcs.s5cmd 结尾的清单文件引用 Google Cloud Storage 中的文件。实际文件完全相同,并在 AWS 和 GCP 之间镜像。下载说明 每个清单文件的头部都包含有关如何下载其中包含的文件的说明。要使用 .s5cmd 清单下载文件:安装 idc-index:pip install --upgrade idc-index 下载此数据集中包含的清单所引用的文件:idc download manifest.s5cmd 要下载

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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