TCGA-SKCM 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集已由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录

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2026-10-07 更新
浏览 7
医学影像图像分割肿瘤皮肤癌黑色素瘤DICOM全切片显微图像IDCTCGA-SKCM
DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-SKCM collection

基本信息

模态
医学影像
大小
0.000331623 GB
任务类型
图像分割
许可
Creative Commons Attribution 3.0 Unported
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

TCGA-SKCM 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集英文名为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-SKCM collection,属于肿瘤 / 皮肤癌分类,来源于 doi.org。根据源站描述,该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据,已由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。数据集作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 和 Fedorov, Andrey,机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年,采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可。该数据集围绕 TCGA-SKCM 集合,即皮肤黑色素瘤相关的幻灯片显微图像,以 DICOM 格式进行组织,可供通过 IDC Portal 探索和可视化,并可通过 Zenodo 记录中的清单文件下载。

【数据集背景】

该数据集面向肿瘤 / 皮肤癌领域,具体对应 TCGA-SKCM 集合。源站描述指出,黑色素瘤是一种发生在称为黑色素细胞的皮肤细胞中的癌症。黑色素细胞是产生黑色素的细胞,黑色素使皮肤着色。当暴露于阳光时,这些细胞会产生更多黑色素,导致皮肤变深或晒黑。黑色素瘤可以发生在身体的任何部位,风险因素包括肤色白皙、有黑色素瘤家族史,以及长期暴露于自然或人造阳光。黑色素瘤最常被发现是因为它已经发生转移或表现出其他临床特征。该数据集正是在这一疾病背景下,将相关幻灯片显微图像转换为 DICOM 表示,并由 IDC 团队收录,以支持影像数据的标准化访问和使用。

【数据内容】

该数据集包含一组图像和/或图像衍生数据,具体为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-SKCM collection。源站描述说明,该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据,并已转换为 DICOM 表示。数据集名称中的“Slide Microscopy images”表明其内容为幻灯片显微图像,且与 TCGA-SKCM 集合相关。关于图像的具体数量、分辨率、染色方法、扫描设备参数、文件大小、存储结构等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 doi.org,机构为 Zenodo。源站描述指出,该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据,已由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。用户可以使用 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。关于原始图像的采集机构、采集时间、采集地点、扫描协议、伦理审批信息等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 TCGA-SKCM 集合相关的幻灯片显微图像的探索、可视化与下载。源站描述提到,用户可以使用 IDC Portal 探索和可视化相应的图像,并可以使用 Zenodo 记录中包含的清单文件,按照下载说明下载该集合。该数据集采用 DICOM 表示,因此适合在支持 DICOM 的医学影像查看和处理环境中使用。关于具体的科研应用、算法训练、诊断用途或临床决策支持等场景,源站未提供。

【使用方法】

根据源站描述,用户可以使用 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。用户可以使用 Zenodo 记录中包含的清单文件,按照下载说明下载该集合。数据集已转换为 DICOM 表示并由 IDC 团队收录,因此下载后可在支持 DICOM 的工具中打开和处理。关于具体的软件配置、API 调用方式、数据加载步骤、预处理要求等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集已由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录,源站描述未提供关于图像质量、标注完整性、数据缺失情况、偏倚、适用范围限制或验证结果的具体信息。关于数据是否经过质量控制、是否存在重复或损坏文件、是否包含患者隐私信息处理说明等,源站未提供。使用者应依据源站提供的下载说明和 IDC Portal 中的信息自行评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 和 Fedorov, Andrey,机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。许可为 Creative Commons Attribution 3.0 Unported。使用该数据集时,应按照该许可要求进行署名。关于具体的引用格式、DOI 标识、版本信息等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.22837406

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 331.6 KB。

数据说明

本数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一系列图像和/或图像衍生数据。该数据集已由IDC团队转换为DICOM格式并录入。您可以使用IDC门户网站探索并可视化相应的图像。您可以利用本Zenodo记录中包含的清单文件,按照下方下载指南下载该数据集。黑色素瘤是一种发生在称为黑素细胞的皮肤细胞中的癌症。黑素细胞是产生黑色素的细胞,黑色素赋予皮肤颜色。当暴露于阳光下时,这些细胞会产生更多黑色素,导致皮肤变黑或晒黑。黑色素瘤可发生在身体任何部位,风险因素包括肤色白皙、有黑色素瘤家族史以及长期暴露于自然或人造阳光下。黑色素瘤最常因已转移或扩散至另一器官(如淋巴结)而被发现。在许多情况下,原发性皮肤黑色素瘤部位从未被找到。由于这一挑战,TCGA主要研究转移性病例(与其他被选为研究对象的癌症不同,后者排除转移性病例)。

据估计,2011年有70,230例新发黑色素瘤病例,并有8,790人死于该疾病。请参阅TCGA-SKCM信息页面,以了解更多关于图像的信息并获取该集合的任何支持性元数据。引用指南可在“在出版物和演示中引用TCGA”信息页面上找到。包含的文件清单文件名指示了集合数据版本首次引入的IDC数据发布版本。例如,tcga_skcm-idc_v22-aws.s5cmd对应于IDC数据发布v22中引入的tcga_skcm集合内容。tcga_skcm-idc_v25-aws.s5cmd:AWS下载清单tcga_skcm-idc_v25-gcs.s5cmd:GCS下载清单tcga_skcm-idc_v25-dcf.dcf:DCF下载清单以-aws.s5cmd结尾的清单文件引用的文件i

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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