前列腺癌 cISH HE 上皮分割数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.18710/EGRQRC

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

前列腺_cISH_上皮_分割数据集 通讯作者：Henrik Sahlin Pettersen（henrik.s.pettersen@ntnu.no） 顾问病理学家/副教授，St. Olavs医院/NTNU，挪威特隆赫姆 网页简介 该数据集提供高分辨率组织病理学图像及相应的专家标注分割掩膜，专为开发前列腺上皮分割AI模型而设计。图像包含针对多种miRNA的显色原位杂交（cISH）染色，以及对照和标准苏木精&伊红（HE）染色。数据来源于70名患者：30名前列腺癌（PCa）患者和40名良性前列腺增生（BPH）患者。 样本采集 前列腺癌（PCa）：30名患者。样本包括正常腺上皮（核心类型“a”）、Gleason 3模式（核心类型“b”）和Gleason 4模式（核心类型“c”），每种标记物理想情况下设三个重复。 良性前列腺增生（BPH）：40名患者。样本包括每种标记物的三个重复正常腺上皮。

标记物与对照数据

以下染色均提供数据，每种染色分别归入其各自的顶级文件夹：

miRNA：miR‑550A、miR‑1246、miR‑3614、miR‑4326、miR‑4632、miR‑4742、miR‑4754、miR‑7850

对照：U6（阳性）、Scr（阴性）

标准染色：苏木精和伊红（HE）

数据格式与组织

每张高分辨率图像（.jpg）均配有对应的像素级分割掩膜（.png），用于勾画前列腺上皮，适合训练深度学习模型。分割掩膜为单通道图像，其中像素值0表示背景，像素值255表示上皮。

数据首先按标记物组织，然后按组织类型/来源组织。在每个标记物的顶级文件夹（例如HE/、550A/）内，结构如下：

[标记物]/
├── Normal/
│ ├── Normal_TURP_BPH/（来自BPH患者的图像/掩膜）
│ └── Normal_Prostatectomy/（来自PCa患者的正常核心“a”图像/掩膜）
└── Cancer/
└── Cancer_Prostatect

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。