PXD015981：前列腺癌福尔马林固定石蜡包埋组织蛋白质组学分析

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD015981

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数据说明

蛋白质代表细胞功能，因此对前列腺组织进行蛋白质组学分析可能阐明前列腺癌（PCa）进展的机制。为此，福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织是宝贵的资源，但由于蛋白质交联而伴随较大的分析困难。我们的目标是表征与去势抵抗性PCa相关的组织蛋白质变化。本研究侧重于开发一种可靠的FFPE组织蛋白质组学分析方案，随后进行了一项使用FFPE PCa临床样本的初步研究，以探究优化方案是否能在PCa背景下提供生物学相关数据。使用七种蛋白质提取方案处理存档的FFPE小鼠组织，包括匀浆方式（珠磨、超声、煮沸）和缓冲液（Tris-HCl和尿素-硫脲）的组合。通过SDS电泳和高分辨率LC-MS/MS分析评估蛋白质组学输出。

来自10例前列腺癌（PCa）患者的FFPE组织（每样本3张切片，每张15 μm），对应肿瘤区（GS=6或GS≥8）及邻近良性区域，采用优化方案进行处理。提取的蛋白质通过GeLC-MS/MS进行分析，随后使用Cytoscape和Open Targets工具进行统计学和生物信息学分析。基于蛋白质鉴定数和重现性，采用Tris-HCl、SDS和DTE裂解细胞并结合珠磨匀浆、超声处理和煮沸的方法，可从FFPE组织中实现最高效的蛋白质提取。FFPE与配对的FF组织比较显示，蛋白质鉴定结果存在大量重叠（在所有FF样本中共同鉴定的1,216个ID中有502个共同ID，在所有FFPE样本中共同鉴定的530个ID），且相对丰度呈强相关性（rs=0.846，p<.001）。在PCa GS≥8与PCa GS=6之间显著失调的蛋白质涉及细胞外基质组织、pho

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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