PXD003651：前列腺癌外泌体中的CLDN3

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD003651

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

外泌体是各种疾病中新兴的生物标志物来源。前列腺癌是工业化国家男性中最常见的癌症。唯一广泛使用的生物标志物是前列腺特异性抗原，但其临床相关性受限于低特异性。为了识别前列腺癌的新型候选生物标志物，我们采用序贯离心和超速离心法，从在标准培养条件下生长的恶性PC3细胞和良性PNT1A细胞的上清液中分离出外泌体。为了不改变细胞的生长条件，使用了含FBS的培养基。作为对照，该培养基也进行了外泌体分离。外泌体和对照样本在LTQ-Orbitrap XL质谱仪上进行分析，随后通过搜索SwissProt数据库，每个样本中鉴定出441至843种蛋白质。仅在PC3外泌体中发现的64种蛋白质被纳入一个评分系统，该系统整合了来自五个公开数据库和文献检索的数据，以识别潜在的候选生物标志物。其中，上皮紧密连接蛋白claudin-3获得了最高评分。

在无血清条件下，采用免疫印迹和免疫金标记进行的复测证实了PC3外泌体上claudin-3的表达。直接从未经外泌体预先分离的血浆中，通过ELISA测定的循环claudin-3水平，在转移性前列腺癌患者（n=15）中显著高于组织学证实为良性前列腺增生的对照组（n=15），差异具有统计学意义（p=0.038）。我们的结果首次描述了claudin-3作为前列腺癌潜在的生物标志物候选者，可通过液体活检轻松检测，无需繁琐的外泌体分离过程。为了验证我们的发现，需要在不同临床状态的前列腺癌患者中开展包含更大队列的进一步研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。