PC3前列腺癌细胞及MDA单细胞扩增衍生物的Nanopore全基因组测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1354861

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目提供了PC3前列腺癌细胞的Oxford Nanopore长读长全基因组测序数据，包括大块基因组DNA和通过多重置换扩增（MDA）产生的单细胞全基因组扩增（WGA）产物。该数据集旨在研究结构变异（SV）图谱，并评估单细胞测序中扩增引入的伪影。包含四个数据集：PC3_bulk_WGS_P2_clean、PC3_bulk_WGS_Mk1c_clean、PC3_10_cells_WGA_P2和PC3_10_cells_WGA_Mk1c。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。