SLlux/ClyA 工程化鼠伤寒沙门氏菌治疗小鼠前列腺癌模型的肿瘤免疫微环境 RNA-seq 图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1310192

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目包含为研究SLlux/ClyA抗肿瘤疗效的转录组学机制而生成的RNA测序数据。SLlux/ClyA是一种减毒且具有生物发光特性的鼠伤寒沙门氏菌菌株，经工程改造以表达溶细胞素A（ClyA）蛋白，用于前列腺癌模型。该数据集包含来自免疫健全（C57BL/6）小鼠模型的RM1前列腺肿瘤的转录组图谱，这些模型接受SLlux/ClyA治疗或作为未治疗对照。对肿瘤组织进行RNA-seq以分析细菌治疗诱导的基因表达变化。数据揭示了肿瘤免疫微环境中的显著改变，包括：先天免疫激活：中性粒细胞迁移和炎症反应相关通路的富集。细胞因子信号传导：促炎基因（如IL-1b、TNF-a、IFN-g）上调。细胞组成改变：肿瘤相关中性粒细胞（TANs）、巨噬细胞（TAMs）和树突状细胞（DCs）的募集。该数据集为理解工程细菌如何重编程前列腺肿瘤微环境提供了全面资源，为与免疫治疗的联合策略提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。