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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1306340：CHD1L抑制剂OTI-611处理前列腺癌细胞的RNA-Seq分析

该数据集为前列腺癌细胞系DU145经CHD1L小分子抑制剂OTI-611处理后的RNA测序数据，属于肿瘤/前列腺癌分类，主题标签为Raw sequence reads。研究旨在通过转录组层面的分析，揭示CHD1L抑制所引发的基因表达改变，重点关注凋亡通路与应激反应机制。基因表达谱分析显示了受OTI-611处理影响的关键调控通路，为理解CHD1L驱动肿瘤发生的分子机制以及OTI-611作为晚期前列腺癌治疗药物的潜力提供了有价值的信息。数据集来源于NCBI，英文名称为PRJNA1306340: RNA-Seq Analysis of Prostate Cancer Cells Treated with CHD1L Inhibitor OTI-611。

【数据集背景】

前列腺癌是男性常见的恶性肿瘤之一，晚期前列腺癌的治疗仍面临诸多挑战。CHD1L是一种与肿瘤发生发展相关的分子，其异常表达可能促进肿瘤细胞的增殖、存活及耐药。OTI-611是一种靶向CHD1L的小分子抑制剂，本研究通过RNA测序技术，对经OTI-611处理的前列腺癌细胞系DU145进行转录组分析，以探索CHD1L抑制后细胞内基因表达的变化。该数据集聚焦于CHD1L抑制所诱导的凋亡通路和应激反应机制，旨在从分子层面阐明OTI-611的作用机理，并评估其作为晚期前列腺癌治疗药物的潜在价值。

【数据内容】

该数据集包含前列腺癌细胞系DU145经OTI-611处理后的RNA测序数据。数据以Raw sequence reads形式呈现，属于转录组测序的原始序列读取。通过基因表达谱分析，可以识别受OTI-611处理影响的关键调控通路，特别是与凋亡和应激反应相关的基因表达变化。数据集的主题标签为Raw sequence reads，表明其核心内容为高通量测序产生的原始读段，可供后续进行比对、定量和差异表达分析。源站描述指出，该数据集提供了关于CHD1L驱动肿瘤发生的分子机制以及OTI-611治疗潜力的见解。

【采集与来源】

该数据集来源于NCBI（美国国家生物技术信息中心），来源站为ncbi.nlm.nih.gov。数据集英文名称为PRJNA1306340: RNA-Seq Analysis of Prostate Cancer Cells Treated with CHD1L Inhibitor OTI-611。实验对象为前列腺癌细胞系DU145，处理条件为使用CHD1L小分子抑制剂OTI-611。测序类型为RNA测序，产生的数据为原始序列读段。关于具体的测序平台、建库方法、测序深度、重复次数、对照设置等实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究CHD1L抑制对前列腺癌细胞转录组的影响，尤其适合关注凋亡通路和应激反应机制的研究者。可用于分析OTI-611处理后的差异表达基因、富集通路以及潜在调控网络。此外，该数据集也可为探索CHD1L驱动肿瘤发生的分子机制提供数据支持，并有助于评估OTI-611作为晚期前列腺癌治疗药物的潜力。适用于肿瘤生物学、前列腺癌研究、药物机制研究以及转录组数据分析等场景。

【使用方法】

使用者可基于原始序列读段进行标准RNA测序数据分析流程，包括质量控制、比对至参考基因组、转录本定量、差异表达分析以及功能富集分析等。通过比较OTI-611处理组与对照组（若有）的基因表达谱，可识别受CHD1L抑制影响的关键基因和通路。具体分析策略需根据研究目的和实验设计确定。关于对照组的设置、样本数量及具体处理条件，源站未提供，使用时应结合源站原始记录进行确认。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段，未提供经过处理的表达矩阵或差异分析结果。关于数据质量指标（如测序质量分数、比对率、覆盖度等）、样本重复数、对照设置以及实验验证等信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，需自行进行质量控制和分析流程的建立。此外，该数据集仅涉及DU145细胞系，其结果能否推广至其他前列腺癌细胞系或临床样本尚不明确。源站未提供关于数据限制的进一步说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为PRJNA1306340: RNA-Seq Analysis of Prostate Cancer Cells Treated with CHD1L Inhibitor OTI-611。关于具体的引用方式、许可协议、使用条款以及数据访问权限等信息，源站未提供。使用者应直接访问NCBI相关页面获取最新的引用和许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1306340

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1306340

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自前列腺癌细胞系（DU145）的RNA测序数据，这些细胞经OTI-611处理，OTI-611是一种靶向CHD1L的小分子抑制剂。研究旨在探究CHD1L抑制引起的转录组变化，重点关注凋亡途径和应激反应机制。基因表达谱分析揭示了受OTI-611治疗影响的关键调控途径。该数据集为理解CHD1L驱动的肿瘤发生分子机制以及OTI-611作为晚期前列腺癌治疗药物的潜力提供了宝贵见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别