HOXD11驱动NMDAR信号激活与前列腺癌上皮神经内分泌转化

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A02a30cbf503200cfc3cb2fb85d1e4a9e61253789227d440a42a754c8d34f6385

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

前列腺癌常对雄激素剥夺治疗（ADT）产生耐药性，其中腺癌-神经内分泌前列腺癌（NEPC）谱系可塑性是治疗失败的关键驱动因素，但其机制尚不明确。本研究对来自小鼠前列腺转基因腺癌（TRAMP）的29，436个细胞进行单细胞转录组分析，该模型重现了人类前列腺癌-NEPC演进的完整临床进程，从而剖析谱系转变背后的分子动力学。我们鉴定出Hoxd11是腺癌-NEPC可塑性的关键转录驱动因子，其表达和调控活性在NEPC转化的早期阶段显著上调。基因抑制Hoxd11可逆转谱系可塑性并延缓ADT诱导的神经内分泌分化。机制上，HOXD11直接激活NMDAR信号通路（通过GRIN1/GRIN3A），该通路在NEPC中过度激活并与不良预后相关。药理学抑制…，测序方案：TRAMP和人类PCa组织的scRNA-seq：新鲜肿瘤标本在冰冷运输条件下保存于GEXSCOPE组织保存液中。

后续处理包括以下连续步骤：(1) 在Hanks平衡盐溶液中洗涤，(2) 使用GEXSCOPE组织解离液进行机械剪碎并结合酶消化，(3) 离心和重悬，随后(4) 使用GEXSCOPE红细胞裂解液去除红细胞。由此流程获得的单细胞悬液使用Chromium Single Cell Kit (10x Genomics)转化为带条形码的文库。最终文库使用10x Genomics Library Kits制备，并在Illumina NovaSeq 6000平台上进行双端150 bp (PE150)测序，严格遵循制造商方案。HEK-293T和LNCaP细胞的RNA-seq：按照制造商方案使用Trizol试剂从HEK-293T细胞中提取总RNA，随后进行纯

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。