EZH2敲低后Skov3细胞的基因表达变化

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤/卵巢癌分类,主题为转录组学。数据记录了在对照与 EZH2 敲低的人 SKOV3 上皮性卵巢癌细胞中开展的基因表达微阵列分析,使用两条针对人 EZH2 基因的独立短发夹 RNA(shEZH2)以限制潜在脱靶效应,每组设三个技术重复

omicsdi
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基因组回归Transcriptomics
Gene expression change in Skov3 after EZH2 knockdown

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

EZH2敲低后Skov3细胞的基因表达变化

该数据集名为 Gene expression change in Skov3 after EZH2 knockdown,来源于 omicsdi.org,归类于肿瘤 / 卵巢癌方向,主题标签为转录组学。其核心内容是在对照与 EZH2 敲低的人 SKOV3 上皮性卵巢癌细胞之间开展基因表达微阵列分析,目的是识别受 EZH2 抑制而表达下调的基因。实验采用两条针对人 EZH2 基因的独立短发夹 RNA(shEZH2)以限制潜在脱靶效应,并且每组设置三个技术重复。整体而言,该数据集为研究 EZH2 在卵巢癌基因表达调控中的作用提供了转录组层面的实验记录。

【数据集背景】

EZH2 是表观遗传调控相关的重要因子,在多种肿瘤中参与基因表达抑制过程。为识别其抑制的靶基因,研究者选择人 SKOV3 上皮性卵巢癌细胞作为模型,通过敲低 EZH2 观察基因表达变化。该数据集即围绕这一研究目标产生,属于肿瘤 / 卵巢癌分类下的转录组学数据。

【数据内容】

数据记录的是在对照与 EZH2 敲低的人 SKOV3 上皮性卵巢癌细胞中开展的基因表达微阵列分析结果。实验使用两条针对人 EZH2 基因的独立短发夹 RNA(shEZH2),以限制潜在脱靶效应;每组设三个技术重复。数据主题标签为 Transcriptomics,即转录组学。除上述信息外,源站未提供更细化的数据内容描述。

【采集与来源】

该数据集来自 omicsdi.org。源站描述说明,为识别受 EZH2 抑制的基因,研究者对对照和 EZH2 敲低的人 SKOV3 上皮性卵巢癌细胞进行了基因表达微阵列分析,并采用两条独立 shEZH2 以限制潜在脱靶效应,每组三个技术重复。除来源站与上述实验描述外,源站未提供其他采集细节。

【适用场景】

该数据集适用于围绕 EZH2 在卵巢癌中调控基因表达这一主题的转录组学分析场景,例如比较 EZH2 敲低与对照条件下 SKOV3 细胞的基因表达差异,识别可能受 EZH2 抑制的基因。其肿瘤 / 卵巢癌分类与转录组学标签也表明,它可用于卵巢癌相关的基础研究或数据再分析。除这些由数据主题直接支持的用途外,源站未提供其他适用场景说明。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明,包括数据下载方式、预处理流程、分析工具或标准化步骤等均未在现有信息中体现。

【质量与限制】

在实验设计层面,该数据集使用两条针对人 EZH2 基因的独立短发夹 RNA(shEZH2)以限制潜在脱靶效应,并且每组设置三个技术重复,这些措施有助于增强结果可靠性。但除上述设计信息外,源站未提供关于数据质量评估、批次效应、归一化方法或其它限制的进一步说明。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-31433

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了鉴定表达受EZH2抑制的基因,我们在对照组和EZH2敲低的人SKOV3上皮性卵巢癌细胞中进行了基因表达微阵列分析。使用两种针对人EZH2基因的独立短发夹RNA(shEZH2)以限制潜在的脱靶效应。使用两种针对人EZH2基因的独立短发夹RNA(shEZH2)以限制潜在的脱靶效应。每组进行了三次技术重复。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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