TCGA泛癌淋巴细胞特异性吸引子
源站说明其内容涉及 TCGA Pan Cancer Project(标注为 syn362400)中发现的淋巴细胞特异性吸引子(LYM)

基本信息
资源简介
TCGA泛癌淋巴细胞特异性吸引子
TCGA Pan Cancer Lymphocyte-specific Attractor 是一个来自 synapse.org、在医学数据集分类中归入“肿瘤 / 其他”的数据集,围绕 TCGA Pan Cancer Project 中发现的淋巴细胞特异性吸引子(Lymphocyte-specific Attractors,LYM)提供信息,源站提示用户点击“Download”查看 HTML 表格。
【数据集背景】
该数据集的名称包含 TCGA Pan Cancer 与 Lymphocyte-specific Attractor 两个关键部分。源站说明其内容涉及 TCGA Pan Cancer Project(标注为 syn362400)中发现的淋巴细胞特异性吸引子(LYM)。关于 TCGA Pan Cancer Project 的立项背景、研究目标、参与机构、样本来源与时间范围等,源站未提供。关于淋巴细胞特异性吸引子(LYM)的概念来源、提出动机及其在肿瘤研究中的具体意义,源站也未提供。因此,这里只能确认该数据集与 TCGA Pan Cancer Project 和 LYM 相关,不能据此扩展出更多背景结论。
【数据内容】
源站说明该数据集提供的是 TCGA Pan Cancer Project 中发现的 Lymphocyte-specific Attractors(LYM)相关信息,并提示点击“Download”查看 HTML 表格。由此可知,源站所呈现的内容与 LYM 有关,且以 HTML 表格形式供查看。至于表格中包含哪些具体字段、有多少行或多少列、是否包含表达量、丰度、分组、统计值、注释信息或其他指标,源站未提供。关于 LYM 的计算方式、定义规则、筛选阈值和结果解释,源站也未提供。因此,数据内容只能从名称与源站说明中确认其主题,无法进一步描述细节。
【采集与来源】
该数据集来自 synapse.org。源站描述中给出了一个地址:http://dl.dropbox.com/u/11986954/panCancer/tcgaPanCancer.lym.html,并指出该页面包含 TCGA Pan Cancer Project(syn362400)中发现的 LYM 相关信息,用户可点击“Download”查看 HTML 表格。关于数据最初如何采集、由谁处理、经过哪些分析流程、是否来自原始数据或二次汇总、是否存在多个版本,源站未提供。关于 synapse.org 上的项目组织方式、数据集与 syn362400 的对应关系,源站未提供更细说明。
【适用场景】
源站未提供该数据集的具体适用场景说明。仅依据名称和分类,可以知道它与肿瘤领域以及 TCGA Pan Cancer Project 中的 LYM 信息有关,但能否用于某种特定的肿瘤研究、免疫相关分析、标志物筛选、可视化展示或方法比较,源站未提供依据。若有研究需要使用该数据集,应回到来源页面查看其说明、表格内容和下载结果,再判断是否符合研究目的。任何超出源站说明的用途推断,都不应视为该数据集已明确支持的范围。
【使用方法】
源站说明中给出的使用入口是点击“Download”查看 HTML 表格。也就是说,用户可先访问源站说明中提供的页面地址,再通过“Download”操作查看表格内容。关于下载后文件的格式、是否可直接用于编程分析、是否需要额外解析、是否提供文档、是否附带示例代码或字段解释,源站未提供。关于如何引用、如何关联 TCGA Pan Cancer Project(syn362400)、如何复现相关结果,源站未提供操作指引。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、完整性、准确性、一致性、批次效应、缺失情况、版本更新、维护状态和已知限制的说明。由于源站未提供样本量、字段定义、统计方法、阈值设置和验证方式,使用者在解释 HTML 表格中的内容时需要谨慎,不能仅凭数据集名称推断其可靠性或适用范围。该数据集在分类上归入“肿瘤 / 其他”,这一分类本身不构成质量评价。关于数据是否存在偏倚、是否经过同行评议、是否适合临床决策,源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用格式、许可协议、使用条款、再分发条件、商业使用限制或署名要求。若需要引用或使用该数据集,应回到 synapse.org 及源站说明中提供的页面地址,查看是否有进一步的许可与引用信息。在未获得明确许可说明前,不应自行推定其授权范围。关于 TCGA Pan Cancer Project(syn362400)的引用要求,源站也未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://synapse.org/Synapse:syn1446361
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
http://dl.dropbox.com/u/11986954/panCancer/tcgaPanCancer.lym.html 关于在 TCGA Pan Cancer Project(syn362400)中发现的淋巴细胞特异性吸引子(LYM)的详细信息。点击“Download”查看 html 表格。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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