PXD013066：基于呼肠孤病毒的肿瘤免疫治疗重塑MHC-I配体组

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD013066

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

溶瘤病毒（OVs）以其杀癌特性著称，通过MHC I类途径逆转肿瘤相关的抗原呈递缺陷，并诱导保护性新抗肿瘤CD8 T细胞反应。然而，OVs是否塑造肿瘤MHC-I配体组仍未知。在此，我们研究了OV是否能诱导新型MHC I结合肿瘤抗原（称为肿瘤MHC-I配体）的呈递。利用基于比较质谱（MS）的MHC-I配体组学，我们确定了在鼠卵巢癌模型中，经溶瘤呼肠孤病毒治疗后肿瘤MHC-I配体的差异表达。在体外，我们发现呼肠孤病毒诱导癌细胞中肿瘤MHC-I配体的呈递。同时进行的多重定量蛋白质组学揭示，肿瘤MHC-I配体呈递的变化大多独立于呼肠孤病毒诱导的其源蛋白的改变。在体内模型中，肿瘤MHC-I配体由呼肠孤病毒在肿瘤中诱导，但更重要的是，对脾脏（抗原呈递细胞的来源）的分析显示，大多数MHC-I配体的独家诱导发生在荷瘤小鼠中。

最后，IFNγ检测证明了呼肠孤病毒诱导的MHC-I配体具有免疫原性。OV诱导的MHC-I反应可能被利用于联合疗法中，以增强癌症免疫疗法的效果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。