PXD001403:卵巢癌和肝硬化腹水的蛋白质组分析

PXD001403: Proteome profiling of ovarian cancer and cirrhosis ascites 是来自 ebi.ac.uk 的记录,围绕卵巢癌与肝硬化腹水的蛋白质组分析,并与卵巢癌腹水的蛋白质组-代谢组研究及细胞间通讯相关

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2014-10-23 更新
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蛋白质分类Ovarian cencerAscitesIntercellular communication
PXD001403: Proteome profiling of ovarian cancer and cirrhosis ascites

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2014-10-23

资源简介

PXD001403:卵巢癌和肝硬化腹水的蛋白质组分析

PXD001403: Proteome profiling of ovarian cancer and cirrhosis ascites 是来自 ebi.ac.uk 的记录,围绕卵巢癌与肝硬化腹水的蛋白质组分析,并与卵巢癌腹水的蛋白质组-代谢组研究及细胞间通讯相关。在收录分类中,它被归入肿瘤 / 其他。来源站说明指出,卵巢癌腹水的蛋白质组-代谢组分析揭示了参与细胞间通讯的新组分。

【数据集背景】

该记录的名称同时提到卵巢癌和肝硬化腹水,来源站说明则把重点放在卵巢癌腹水,并给出“Proteome-metabolome profiling of ovarian cancer ascites reveals novel components involved in intercellular communication”的说明。相关标签包括 Ovarian cencer、Ascites、Intercellular communication,以及 DOID:2144 Malignant neoplasm of ovary。其中 DOID:2144 对应的名称为 Malignant neoplasm of ovary,即卵巢恶性肿瘤。标签中的卵巢癌写作 Ovarian cencer,与常见拼写不同。关于研究发起背景、疾病模型、临床问题、肝硬化与卵巢癌之间的关系,来源站未提供。

【数据内容】

从名称和来源站说明可以得到,该记录涉及蛋白质组分析,来源站说明还明确提到蛋白质组-代谢组分析,研究对象为卵巢癌腹水,并指向细胞间通讯相关的新组分。相关主题集中在卵巢癌、腹水、细胞间通讯以及卵巢恶性肿瘤。至于具体包含哪些蛋白质、代谢物、通路、互作关系、定量结果、差异分析结果,来源站未提供。数据文件类型、文件数量、数据大小、样本数量、分组方式、是否包含肝硬化腹水样本及其对应的检测结果,来源站也未提供。

【采集与来源】

该记录来自 ebi.ac.uk。来源站说明附有一条指向 mcponline.org 的文章链接,链接路径中包含 2014 年 9 月 30 日的早期在线发表信息。名称中的 PXD001403 可作为该记录在相关资源中的标识。除来源站和文章链接外,样本采集地点、患者来源、伦理审批、临床信息、样本处理、检测平台、实验流程、数据生成时间等,来源站未提供。

【适用场景】

来源站未提供推荐的适用场景。从已有信息看,该记录与卵巢癌、腹水、细胞间通讯、蛋白质组和代谢组等主题有关,可能适用于这些主题下的信息检索和资源发现。但具体可用于哪些分析、能否支持生物标志物筛选、机制研究、跨数据集比较或临床转化研究,来源站未提供。涉及肝硬化腹水的适用场景也没有在来源站说明中展开。

【使用方法】

来源站未提供具体的使用方法、下载入口、数据访问流程、分析步骤或配套工具。可确认的来源入口是 ebi.ac.uk,来源站说明中另有文章链接。若需要获取数据或了解实验细节,应依据来源站记录和来源站说明所指向的文章页面进行查找。关于如何解析文件、如何质控、如何复现分析,来源站未提供。

【质量与限制】

来源站未提供质量控制指标、样本量、重复性、覆盖度、数据完整性、版本更新、已知偏倚或使用限制。相关标签中的卵巢癌写作 Ovarian cencer,检索时可能需要注意这一拼写差异。DOID:2144 对应 Malignant neoplasm of ovary,可作为本体标注信息。除此之外,关于数据可靠性、适用边界和局限性的说明,来源站未提供。

【引用与许可】

来源站未提供许可条款、使用限制、引用格式或必须致谢的要求。来源站说明中附有文章链接,可据此进一步查找原始论文信息,但正式的引用方式、版权状态和再分发条件,来源站未提供。使用前应查看来源站记录及文章页面中的相关声明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001403

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

卵巢癌腹水的蛋白质组-代谢组分析揭示参与细胞间通讯的新组分 http://www.mcponline.org/content/early/2014/09/30/mcp.M114.041194.full.pdf+html?sid=78e7a955-fa54-4ded-b296-89f1fb6adbec

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