烟草使用习惯界定的口腔癌患者蛋白质组改变

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD022808

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

烟草使用所诱导的分子改变在口腔鳞状细胞癌中尚未得到充分表征。咀嚼或吸烟形式的烟草消费是口腔癌的已知风险因素。为理解口腔癌患者中烟草使用所致的蛋白质组学变化，我们对有烟草使用习惯史的口腔癌患者（咀嚼烟草的患者和吸烟草的患者）以及无烟草消费史的患者进行了比较蛋白质组学分析。蛋白质组学分析分别定量了吸烟者队列中5，848种蛋白质、咀嚼者队列中5，216种蛋白质以及非使用者队列中5，320种蛋白质。其中，吸烟者、咀嚼者和非使用者队列中分别有443种、72种和139种蛋白质显著失调（p值≤ 0.05且倍数变化≥2）。对显著失调蛋白质的基因本体和通路分析显示，各患者队列中富集了不同的生物学过程和通路。在吸烟草的口腔癌患者中，与胶原形成和抗原加工/呈递通路相关的蛋白质发生失调，而在咀嚼烟草的患者中，角化过程则呈现富集。

我们还观察到，非使用者的失调蛋白质涉及细胞外基质蛋白聚糖、碳水化合物和糖胺聚糖代谢。免疫信号通路和肌肉收缩被确定为所有三个队列中共同失调的事件。本研究有助于我们解读口腔癌患者因烟草使用诱导的蛋白质组学改变，并将协助识别用于甄别高风险人群的早期检测标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。