结肠腺癌组织裂解物中的蛋白质组改变
主题标签:结肠腺癌、蛋白质组、组织裂解物、肿瘤、蛋白质组学。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖结肠腺癌。本数据集为肿瘤领域的基因组公开数据集,来源:google_dataset,主题涵盖结肠腺癌。

基本信息
资源简介
结肠腺癌组织裂解物中的蛋白质组改变
PROTEOMIC ALTERATIONS IN COLON ADENOCARCINOMA TISSUE LYSATES 是一个聚焦结肠腺癌组织裂解物蛋白质组变化的公开数据集,归属于肿瘤领域的“其他”类别,来源为欧洲生物信息学研究所(ebi.ac.uk)的 PRIDE 归档平台,项目编号为 PXD006509。该数据集以结肠腺癌、蛋白质组、组织裂解物、肿瘤和蛋白质组学为核心主题标签,围绕结肠腺癌组织样本中的蛋白质组学改变展开,为研究者了解该肿瘤在蛋白质层面可能呈现的变化提供了公开可获取的数据资源。作为肿瘤领域的公开数据集,其主题涵盖结肠腺癌,适合作为相关蛋白质组学研究的参考数据来源之一。
【数据集背景】
结肠腺癌是结直肠癌中最常见的组织学类型之一,其发生发展涉及基因表达与蛋白质层面的多重改变。蛋白质组学方法能够对组织样本中的蛋白质组成及其丰度变化进行整体性观察,从而在基因序列信息之外提供与肿瘤表型直接相关的分子证据。该数据集正是在这一研究背景下产生,其标题明确指向“结肠腺癌组织裂解物中的蛋白质组改变”,说明其关注对象是经裂解处理的组织样本中所反映的蛋白质组层面的差异与变化。数据集由 Samiksha Khurana 提交并公开于 PRIDE 归档,项目编号 PXD006509,属于蛋白质组学领域常见的公开数据共享形式。
【数据内容】
依据源站描述,该数据集的主题为结肠腺癌组织裂解物中的蛋白质组改变,核心内容围绕组织裂解物样本的蛋白质组学观测结果展开。主题标签进一步明确了其内容范围:结肠腺癌、蛋白质组、组织裂解物、肿瘤、蛋白质组学。数据集归属于肿瘤类别下的“其他”分类。关于样本数量、蛋白质鉴定数量、定量结果、差异表达蛋白列表等具体数据内容细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk,即欧洲生物信息学研究所的 PRIDE 归档平台,项目访问地址为 https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD006509。数据由 Samiksha Khurana 提交,引用格式为“Samiksha Khurana, PROTEOMIC ALTERATIONS IN COLON ADENOCARCINOMA TISSUE LYSATES [Dataset]”。关于样本采集地点、采集时间、实验仪器、实验流程等具体采集信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于结肠腺癌蛋白质组学相关的研究场景,例如作为组织裂解物蛋白质组改变研究的参考数据、用于蛋白质组学方法学的对照或比较分析、以及作为肿瘤蛋白质组学教学与培训中的公开数据示例。由于其主题标签涵盖结肠腺癌与肿瘤,也可用于肿瘤分子机制探索中蛋白质层面证据的辅助参考。关于该数据集是否适用于临床诊断、预后预测或药物靶点筛选等具体应用,源站未提供相关说明。
【使用方法】
该数据集通过 PRIDE 归档平台公开提供,使用者可访问项目页面 PXD006509 获取数据。关于数据文件的具体格式、下载方式、检索接口以及配套的分析工具与处理流程,源站未提供。使用时应遵循蛋白质组学公开数据的通用规范,结合具体研究目的选择相应的分析策略。
【质量与限制】
该数据集为公开归档的蛋白质组学数据集,其提交与发布遵循 PRIDE 平台的一般要求。关于数据质量评估指标、缺失值情况、技术重复与生物学重复设置、数据完整性验证结果等,源站未提供。使用者在将其用于研究时应自行评估数据对其具体分析目标的适用性。该数据集主题聚焦于结肠腺癌组织裂解物,是否可外推至其他肿瘤类型或其他样本类型,源站未提供依据。
【引用与许可】
引用该数据集时,应使用源站给出的引用信息:Samiksha Khurana, PROTEOMIC ALTERATIONS IN COLON ADENOCARCINOMA TISSUE LYSATES [Dataset], https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD006509。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD006509
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Samiksha Khurana, PROTEOMIC ALTERATIONS IN COLON ADENOCARCINOMA TISSUE LYSATES [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD006509
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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