进展性下丘脑/视路毛细胞型星形细胞瘤的临床与分子特征 [850k array]
不可切除的下丘脑/视路毛细胞型星形细胞瘤(PA)尽管接受多线治疗仍反复进展,管理具有挑战性。为识别与肿瘤进展相关的临床和生物学因素,我们回顾性鉴定了 72 例不可切除、非 NF1 相关的下丘脑/视路 PA
![PRJNA819453: The clinical and molecular characteristics of progressive hypothalamic/optic pathway pilocytic astrocytoma [850k array]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/130319_v20261104145217.jpg)
基本信息
资源简介
进展性下丘脑/视路毛细胞型星形细胞瘤的临床与分子特征 [850k array]
PRJNA819453 数据集聚焦于不可切除的下丘脑/视路毛细胞型星形细胞瘤(pilocytic astrocytoma, PA)的临床与分子特征。此类肿瘤尽管接受多线治疗,仍可能反复进展,临床管理具有挑战性。为识别与肿瘤进展相关的临床和生物学因素,研究回顾性鉴定了 72 例不可切除、非 NF1 相关的下丘脑/视路 PA,并依据治疗反应将肿瘤分为低危、中危和高危三类。该数据集来源于 ebi.ac.uk,本站归类为肿瘤 / 其他,包含基于 850k 阵列的 DNA 甲基化 profiling 相关信息,可用于探索与肿瘤进展风险相关的分子特征。
【数据集背景】
下丘脑/视路毛细胞型星形细胞瘤若无法切除,常面临反复进展的问题,即使采用多线治疗也可能难以控制。为识别与肿瘤进展相关的临床和生物学因素,研究纳入 72 例不可切除、非 NF1 相关的下丘脑/视路 PA。根据治疗反应,肿瘤被分为低危(6.9%)、中危(43.1%)和高危(50%)。其中,高危肿瘤定义为:在三线或以上化疗/靶向治疗后进展、放疗后进展、发生转移性疾病或死于疾病。该背景说明数据集关注的是治疗反应分层与进展风险相关分子特征的研究场景。
【数据内容】
该数据集与 DNA 甲基化 profiling 和转录组分析相关,具体包括 850k 阵列内容。源站描述提到,对具有可用组织的初治肿瘤进行了 DNA 甲基化 profiling 和转录组分析(RNA sequencing),并通过免疫组织化学(IHC)在额外肿瘤组织上验证发现。数据集英文名中包含“[850k array]”,表明其涉及 850k 阵列数据。除上述信息外,源站未提供更细的数据文件清单、样本数量明细、数据表结构或具体分子指标。
【采集与来源】
数据来源站为 ebi.ac.uk。研究为回顾性设计,回顾性鉴定 72 例不可切除、非 NF1 相关的下丘脑/视路 PA。分子分析对象为具有可用组织的初治肿瘤,分析方法包括 DNA 甲基化 profiling 和转录组分析(RNA sequencing),并用 IHC 在额外肿瘤组织上验证。源站描述中提及中位随访信息,但内容不完整,源站未提供完整随访时长及具体随访结局。
【适用场景】
该数据集适用于研究与下丘脑/视路毛细胞型星形细胞瘤进展相关的临床和分子特征,尤其是围绕治疗反应风险分层、DNA 甲基化特征、转录组特征以及 IHC 验证的研究。也可用于探索不可切除、非 NF1 相关 PA 中与高危进展相关的潜在生物学因素。由于源站未提供完整的数据字段、样本注释和随访细节,具体适用场景需结合源站原始记录进一步确认。
【使用方法】
源站未提供具体的数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析代码或使用步骤。该数据集涉及 850k 阵列、DNA 甲基化 profiling、RNA sequencing 和 IHC 验证等内容,但源站未提供详细的操作指南或分析参数。使用者如需使用,应依据源站 ebi.ac.uk 的原始记录获取进一步说明。
【质量与限制】
该研究为回顾性研究,样本为 72 例不可切除、非 NF1 相关的下丘脑/视路 PA,并按治疗反应分为低危(6.9%)、中危(43.1%)和高危(50%)。高危定义明确,包括三线或以上化疗/靶向治疗后进展、放疗后进展、发生转移性疾病或死于疾病。分子分析基于具有可用组织的初治肿瘤,并用 IHC 在额外肿瘤组织上验证。源站描述中中位随访信息不完整,源站未提供完整随访数据、缺失值情况、批次效应、样本量分层细节或其他质量评估信息。
【引用与许可】
源站未提供引用格式、许可条款或使用限制。该数据集来源站为 ebi.ac.uk,英文名为 PRJNA819453: The clinical and molecular characteristics of progressive hypothalamic/optic pathway pilocytic astrocytoma [850k array]。如需引用或使用,应查阅源站原始页面获取许可与引用要求。
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源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA819453
标准获取流程:
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
不可切除的下丘脑/视路毛细胞型星形细胞瘤(PA)因尽管接受多线治疗仍反复进展,管理起来颇具挑战。为识别与肿瘤进展相关的临床和生物学因素,我们回顾性纳入了72例不可切除、非NF1相关的下丘脑/视路PA。根据对治疗的反应,肿瘤被分为低危(6.9%)、中危(43.1%)和高危(50%)。高危肿瘤定义为在接受三线或以上化疗/靶向治疗后进展、放疗后进展、发生转移性疾病或死于疾病的肿瘤。对具有可用组织的初治肿瘤进行了DNA甲基化谱分析和转录组分析(RNA测序),并通过在额外肿瘤组织上进行免疫组化(IHC)验证了这些发现。整个队列的中位随访时间为12.3年。高危肿瘤与男性(男:女 = 2.6:1)、诊断时年龄较小(中位3.2岁 vs. 6.7岁,P = 0.005)以及KIAA1549-BRAF融合高发生率(81.5% vs. 38.5%,P = 0.0032)相关。
高风险肿瘤显示许多线粒体基因以及E2F和NKX2.3转录因子下游基因的CpG甲基化减少和RNA表达增加。转录组分析确定转录因子TBX3和原癌基因丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PIM1是E2F和NKX2.3共同的下游靶点,也是肿瘤进展的潜在驱动因素。IHC证实高风险肿瘤中TBX3和PIM1表达增加。已知PIM1可增加MYC的稳定性和转录活性,基因富集分析发现MYC靶点富集。已知与毛细胞型星形细胞瘤相关的信号通路,如MAPK和PI3K/AKT/mTOR,也出现富集,以及与线粒体生物发生和氧化磷酸化相关的通路。我们的结果支持p53-PIM1-M
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。



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