基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-11-05

资源简介

PRJNA1513147：Xenorhabdus stockiae 基因组分析及生物活性评估

PRJNA1513147 是一个围绕 Xenorhabdus stockiae 的基因组分析与生物活性评价而设立的生物项目，其英文名称为“Genomic analysis and evaluation of the bioactivities of Xenorhabdus stockiae”。该项目在 NCBI 的 BioProject 数据库中登记，编号为 1513147，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从数据组织形式看，该项目以原始测序读长（Raw sequence reads）作为主题标签，说明其对外提供的数据类型属于测序产生的原始读长。BioProject 记录本身并不等同于单一数据集，而是为同一研究计划所生成的多类型生物数据提供统一入口，便于用户从一个记录出发，链接到该项目下不同类别的数据资源。本站将该数据集归入“肿瘤 / 其他”分类，但就现有信息而言，其核心内容仍以基因组测序读长和生物活性评价相关数据为主。

【数据集背景】

该数据集的背景来自一个名为“Genomic analysis and evaluation of the bioactivities of Xenorhabdus stockiae”的生物项目。Xenorhabdus stockiae 是该项目的核心研究对象，项目名称表明其工作包含两个主要方向：一是基因组分析，二是生物活性评价。BioProject 作为 NCBI 提供的项目级记录，用于汇集由单一机构或联合体发起的同一项研究计划所产生的生物数据。因此，PRJNA1513147 并不是一个孤立的测序文件，而是一个项目入口，帮助用户定位与 Xenorhabdus stockiae 基因组及生物活性研究相关的数据集合。源站标题为“ID 1513147 - BioProject - NCBI”，进一步说明该记录在 NCBI 体系中的身份是 BioProject 条目。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其提供的数据形式是原始测序读长。原始测序读长通常指测序仪直接输出的短序列片段，尚未经过拼接、注释或高级分析。BioProject 记录的作用是汇集同一项目产生的多种数据类型，并提供统一入口链接。因此，用户通过该记录可以找到与 Xenorhabdus stockiae 基因组分析和生物活性评价相关的原始测序数据入口。除原始测序读长外，该项目是否还包含其他类型的数据，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，登记在 NCBI 的 BioProject 数据库中，项目编号为 1513147。BioProject 记录通常来自单一组织或联合体，用于组织同一研究计划下的生物数据。关于 Xenorhabdus stockiae 的具体采样地点、采样时间、样本数量、测序平台、建库方法等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要获取 Xenorhabdus stockiae 原始测序读长的用户，例如开展基因组组装、基因预测、比较基因组分析或生物活性相关基因挖掘的研究人员。由于 BioProject 记录提供统一入口，用户也可以借助该记录查找同一项目下可能存在的其他数据类型。本站将其归入“肿瘤 / 其他”分类，但该分类与项目具体研究内容的关联方式，源站未提供。总体而言，该数据集适合作为原始测序数据的获取起点，而不是经过整理的最终分析结果。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号 1513147 的记录，即 PRJNA1513147。该记录提供指向项目相关数据类型的链接，用户可据此定位原始测序读长数据。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用前通常需要根据研究目的进行质量控制、过滤、拼接或比对等处理。具体下载方式、文件格式、数据量及配套元数据，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以原始测序读长形式提供，属于未经过高级分析的原始数据，其质量取决于测序过程本身。BioProject 记录作为项目级入口，主要用于汇集和链接数据，并不直接代表某一具体样本或实验的质量评估。关于该项目的测序深度、读长长度、碱基质量、污染水平、样本重复数等质量指标，源站未提供。此外，本站分类为“肿瘤 / 其他”，但该分类是否准确反映项目内容，源站未提供进一步说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1513147，英文名称为“Genomic analysis and evaluation of the bioactivities of Xenorhabdus stockiae”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或授权条款，源站未提供。用户在使用时应自行查阅 NCBI BioProject 记录及相关数据页面以获取最新的引用和许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1513147

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1513147

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目聚焦于对从泰国新分离的致病杆菌属（Xenorhabdus）菌株进行全基因组测序和泛基因组分析，以发掘新型生物合成基因簇（BGCs）。已知致病杆菌属物种能产生具有强效抗微生物和细胞毒性特性的生物活性次级代谢产物。通过分析其完整基因组，我们旨在探究这些天然产物BGCs的多样性。此外，本研究还评估了细菌粗提物及分级提取物对临床相关病原菌和人类癌细胞系的抑制活性。最终，本研究旨在弥合基因组潜力与生物应用之间的差距，以发现新型抗生素和抗癌疗法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别