基本信息

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基因组

创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

PRJNA1432091：长链非编码RNA PACER

PRJNA1432091: LncRNA PACER 是收录于 NCBI BioProject 数据库中的一项生物研究计划记录，编号为 1432091。该记录归属于肿瘤 / 其他这一分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录形式，这些数据可来自单一机构或联合体。该记录为用户提供统一入口，便于查找同一项目所生成的不同数据类型。就本记录而言，其主题标签为 Raw sequence reads，表明该项目涉及原始序列读段类数据。整体来看，该数据集是围绕 LncRNA PACER 这一研究对象、以 BioProject 形式组织的生物数据集合入口，适合需要定位该项目相关原始测序数据及其关联资源的用户参考使用。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录机制，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。按照源站描述，一个 BioProject 可以源自单一组织，也可以源自一个联合体，其核心作用是为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所生成的各种数据类型。PRJNA1432091 即为这样一个项目记录，其英文名称为 LncRNA PACER，源站标题为 ID 1432091 - BioProject - NCBI。该记录在本站被归入肿瘤 / 其他分类，说明其主题与肿瘤领域相关，但具体研究背景、立项机构、研究目的等信息源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，说明其涉及的数据类型为原始序列读段。BioProject 记录本身并不等同于某一种具体的数据文件，而是作为项目入口，链接到该项目生成的不同数据类型。因此，PRJNA1432091 所涵盖的具体样本数量、测序平台、读段长度、数据量、文件格式等细节，源站未提供。该记录的名称中包含 LncRNA PACER，提示其研究对象可能与长链非编码 RNA PACER 有关，但除名称外，清单未给出更多关于该 lncRNA 的具体研究内容或数据构成信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject ID 1432091。BioProject 记录的产生方式，是围绕某一研究计划汇集来自单一机构或联合体的生物数据。就本记录而言，其具体的采集机构、样本来源、实验设计、测序策略、采集时间与地点等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要查找与 LncRNA PACER 相关的 BioProject 记录，并进一步定位其原始序列读段数据的用户。由于 BioProject 提供统一入口链接到项目生成的不同数据类型，该记录可用于跨数据类型检索、项目级数据溯源以及相关研究资源的导航。其肿瘤 / 其他分类也提示该记录可能对肿瘤领域的研究者具有参考价值。但具体适用场景需结合项目实际数据判断，源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以编号 1432091 或名称 PRJNA1432091: LncRNA PACER 进行检索，进入该记录页面后，利用其提供的统一入口链接访问该项目生成的不同数据类型。由于该记录的主题标签为 Raw sequence reads，用户可据此定位原始序列读段相关资源。关于具体的下载方式、数据访问权限、所需工具及分析流程，源站未提供。

【质量与限制】

BioProject 记录作为项目级入口，其本身提供的是数据链接与项目描述框架，而非对数据质量的直接评价。该记录的具体数据质量指标、完整性、准确性、覆盖度以及使用限制等信息，源站未提供。用户在利用该记录时，应注意其仅作为项目汇集入口，具体数据质量需依据所链接的原始数据自行评估。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1432091

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1432091

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究提供了通过引物延伸选择性2’-羟基酰化分析及突变谱分析（SHAPE-MaP）实验获得的原始测序数据，用于探究人肺腺癌A549细胞中长链非编码RNA PACER（PTGS2反义RNA）的二级结构。对在体内和离体条件下用SHAPE试剂2-氨基吡啶-3-羧酸咪唑啉（2A3）修饰的RNA及匹配的DMSO对照进行了靶向扩增子测序。所得FASTQ文件用于定量核苷酸分辨率的SHAPE反应性和deltaSHAPE差异，并生成RNA二级结构模型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别