基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

子宫内膜癌肿瘤、癌旁正常组织与阴道微生物组的16S rDNA测序

PRJNA1420213 是一个收录于 NCBI BioProject 的生物学项目，全称为“16S rDNA Sequencing of the Endometrial Tumour, Adjacent Normal Tissue, and Vaginal Microbiome in Endometrial Carcinoma”。该项目围绕子宫内膜癌展开，采用 16S rDNA 测序技术，对子宫内膜肿瘤组织、癌旁正常组织以及阴道微生物组进行检测。从数据类型看，该项目的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始测序读长，属于微生物组研究中常见的基础数据形式。项目来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站将其归类于“肿瘤 / 其他”方向。整体而言，该数据集为研究子宫内膜癌相关微生态特征提供了以 16S rDNA 测序为核心的原始序列数据入口，适合关注肿瘤与微生物组交叉领域的研究者进一步了解和使用。

【数据集背景】

该数据集对应的 NCBI BioProject 项目聚焦于子宫内膜癌（Endometrial Carcinoma）的微生物组研究。子宫内膜癌是妇科常见的恶性肿瘤之一，对其肿瘤微环境及与之相关的微生物群落特征的研究，是理解疾病发生发展机制的潜在方向之一。16S rDNA 测序是微生物群落研究中的常用技术手段，通过对细菌 16S 核糖体 RNA 基因特定区域的扩增与测序，可以在属或种水平上对样本中的细菌组成进行鉴定和相对丰度分析。本项目正是基于这一技术路线，将研究对象设定为子宫内膜肿瘤组织、癌旁正常组织以及阴道微生物组三类样本，试图从多个部位同时获取微生物组信息。NCBI BioProject 作为项目记录平台，其作用是将与某一项研究计划相关的多种数据类型集中关联，方便用户从一个入口找到该项目所产生的各类数据。该项目的源站描述也指出，BioProject 记录来自单一机构或联合体，围绕单一研究计划汇集生物学数据，并为用户提供查找相关数据类型的统一入口。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其核心数据形式是原始测序读长。项目名称明确说明其测序对象为子宫内膜肿瘤、癌旁正常组织以及阴道微生物组的 16S rDNA。由此可知，数据内容围绕三类样本的 16S rDNA 扩增测序结果展开，属于微生物组测序的原始数据层面。关于具体的样本数量、测序平台、测序区域、读长长度、数据量大小、文件格式等细节，源站未提供。关于是否包含经过拼接、过滤或注释后的衍生数据，源站未提供。关于项目内是否还包含其他类型的数据（如临床信息、分析结果等），源站未提供。

【采集与来源】

该项目的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录类型为 BioProject，项目编号为 PRJNA1420213。项目名称显示其样本涉及子宫内膜肿瘤组织、癌旁正常组织以及阴道微生物组，说明样本采集至少覆盖肿瘤组织、邻近正常组织与阴道三个部位。关于样本采集的具体机构、采集时间、采集地点、纳入与排除标准、伦理审批信息、受试者数量及人群特征等，源站未提供。关于测序工作由哪家单位完成、采用何种建库与测序方案，源站未提供。

【适用场景】

基于其数据类型与样本设计，该数据集可适用于以下方向：子宫内膜癌相关微生物组的探索性研究；肿瘤组织与癌旁正常组织之间微生物组成差异的比较分析；阴道微生物组与子宫内膜微生物组之间的关联研究；16S rDNA 测序数据的再分析、方法学比较或作为公共数据资源用于荟萃分析等。由于主题标签为原始测序读长，该数据也可用于检验不同的生物信息学处理流程对微生物群落解析结果的影响。需要说明的是，上述适用方向是基于数据类型与样本构成的通用研究用途说明，源站未针对该数据集给出具体的应用结论或分析结果。

【使用方法】

该数据集托管于 NCBI BioProject，用户可通过项目编号 PRJNA1420213 在 NCBI 站点检索并访问该项目记录。BioProject 记录本身提供指向该项目所产生各类数据的链接入口，用户可据此进一步定位原始测序读长等相关数据。关于具体的下载方式、数据文件组织方式、是否提供配套的分析流程或元数据表格，源站未提供。关于是否需要特定软件或流程处理该数据，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为原始测序读长，意味着数据处于未经过高级分析的原始状态，使用前通常需要经过质量控制、拼接、去嵌合、聚类或降噪等处理步骤。关于该项目的测序质量、数据完整性、样本量是否充足、是否存在批次效应等技术性质量指标，源站未提供。关于该数据集在人群代表性、样本来源多样性等方面的局限，源站未提供。关于数据是否存在使用限制或访问控制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA1420213，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该项目的具体引用方式、推荐引文、作者列表、发表文献以及许可条款，源站未提供。用户在使用该数据时，应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关使用规范，并建议直接访问项目页面获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1420213

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1420213

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目提供16S rDNA基因测序数据，用于表征与子宫内膜癌（EC）相关的微生物组。该数据集描绘了三个关键部位的微生物群落：（1）子宫内膜肿瘤组织，（2）组织学正常的邻近子宫内膜组织，以及（3）阴道腔。通过比较这些生态位，本研究旨在阐明局部肿瘤微环境，识别癌组织特异性的微生物失调，并探索EC中阴道与子宫内膜之间潜在的经宫颈微生物关系。组织与阴道样本的配对设计为研究特定细菌及群落结构在子宫内膜癌发生中的作用提供了宝贵资源，对理解疾病病因、生物标志物发现及未来治疗策略具有潜在意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别