CMT167伴或不伴STK11敲除皮下或原位植入C57BL/6小鼠肺的单细胞RNA测序

资源简介

CMT167伴或不伴STK11敲除皮下或原位植入C57BL/6小鼠肺的单细胞RNA测序

该数据集收录的是C57BL/6小鼠体内CMT167肿瘤模型的单细胞RNA测序原始序列reads。肿瘤细胞分别以皮下接种和肺内原位接种两种方式植入小鼠，并在有或无STK11基因敲除的条件下成瘤，随后对肿瘤样本进行单细胞转录组测序。数据集以原始测序reads的形式提供，属于肿瘤研究领域的单细胞测序数据资源，可用于比较不同植入部位与STK11基因状态对肿瘤细胞转录特征的影响。数据来源于NCBI，主题标签为原始序列reads，适合具备单细胞RNA测序数据分析基础的研究人员下载使用。

【数据集背景】

CMT167是一种来源于C57BL/6小鼠的肿瘤细胞系，常被用于同系小鼠移植瘤模型研究。STK11（又称LKB1）是肿瘤研究中受到关注的激酶基因，其功能缺失与肿瘤发生发展及微环境重塑相关。该数据集正是围绕CMT167肿瘤在STK11敲除与否两种遗传背景下的表现而构建，同时引入皮下与肺内原位两种植入部位，以在单细胞分辨率上考察肿瘤细胞及其所在组织的转录组差异。C57BL/6小鼠作为免疫健全的同系宿主，使移植瘤模型能够在完整免疫系统背景下成瘤，为相关研究提供基础数据。

【数据内容】

数据集的核心内容是单细胞RNA测序产生的原始序列reads。样本覆盖CMT167肿瘤在两种植入方式（皮下接种、肺内原位接种）与两种STK11状态（野生型背景、STK11敲除）组合下的肿瘤组织。测序在单细胞水平上进行，因此所得reads可用于后续的细胞类型鉴定、转录状态比较以及不同实验分组间的差异分析。数据以原始序列形式提交，未经过表达定量或细胞注释等下游处理，使用者需自行完成从原始reads到表达矩阵的完整分析流程。

【采集与来源】

数据来源于NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），以PRJNA1379467标识归档。样本材料为植入C57BL/6小鼠体内的CMT167肿瘤，按皮下或肺内原位方式成瘤，并区分伴或不伴STK11敲除。测序对象为这些肿瘤组织的单细胞转录组，产出物为原始测序reads。数据集的分类归属为肿瘤/其他，主题标签为原始序列reads。关于测序平台、试剂版本、建库方法、测序深度、样本数量及具体操作流程等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤生物学与单细胞转录组学相关研究，例如比较皮下与肺内原位微环境对CMT167肿瘤细胞转录状态的影响，分析STK11敲除引起的肿瘤细胞及微环境细胞组成变化，或将其作为同系小鼠肿瘤单细胞测序的参考数据用于方法学验证与流程测试。由于提供的是原始reads，也适合用于单细胞分析流程（如比对、定量、质控、聚类与注释）的搭建和评估。具体研究设计需结合实验分组信息自行判断。

【使用方法】

使用者可从NCBI获取原始序列reads，按单细胞RNA测序标准流程进行处理：序列质控与比对、细胞条形码与UMI计数、表达矩阵构建、细胞过滤与归一化、降维聚类与细胞类型注释，随后按植入部位和STK11状态分组开展差异表达与细胞组成比较。分析中应注意区分不同实验分组对应的样本，避免混合比较。由于数据为原始reads，分析结果高度依赖所选的参考基因组、注释版本与参数设置，建议在方法部分完整记录处理流程以便复现。

【质量与限制】

该数据集提供的是原始测序reads，未附带经过处理的分析结果，使用门槛相对较高。关于测序质量指标、细胞数量、测序深度、重复样本数、批次信息以及是否存在低质量细胞等质量控制相关内容，源站未提供。数据仅涉及C57BL/6小鼠CMT167移植瘤模型，结论外推到其他肿瘤模型或人类样本时需谨慎。此外，STK11敲除的具体构建方式、植入手术细节及样本采集时间点等信息，源站未提供，使用者在解释结果时应予以考虑。

【引用与许可】

该数据集归档于NCBI，标识为PRJNA1379467，使用时应按照NCBI的相关要求引用该登录号及对应的项目信息。关于数据的具体许可条款、使用限制以及是否关联特定发表论文，源站未提供，建议使用者访问NCBI项目页面核实引用方式与使用条件。