PRJNA1314749：USP13稳定SOCS1逆转MSI-H结直肠癌抗PD-1耐药
该转录组数据集来自NCBI，围绕MC38小鼠结直肠癌细胞中USP13敲低后的基因表达变化展开。研究者构建了sgRNA介导的USP13敲除（sgUSP13）与阴性对照（NC）稳定细胞系，通过RNA测序比较两组差异表达基因，旨在揭示USP13缺失驱动的分子机制，包括其在肿瘤进展、免疫应答及免疫治疗耐药中
基本信息
资源简介
PRJNA1314749：USP13稳定SOCS1逆转MSI-H结直肠癌抗PD-1耐药
该数据集为来自NCBI的转录组测序项目，英文名称为“PRJNA1314749: USP13 Stabilizes SOCS1 to Reverse alpha-PD-1 Resistance in MSI-H Colorectal Cancer”，本站归类于肿瘤/其他领域。数据集围绕MC38小鼠结直肠癌细胞中USP13敲低后的基因表达变化展开。研究者构建了sgRNA介导的USP13敲除（sgUSP13）与阴性对照（NC）稳定细胞系，并通过RNA测序比较两组之间的差异表达基因。分析目标在于揭示USP13缺失所驱动的潜在分子机制，涵盖其在肿瘤进展、免疫应答以及免疫治疗耐药中的作用。该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其内容以原始测序读段为主，适合用于转录组层面的差异表达分析与后续机制探索。
【数据集背景】
该数据集产生于探索USP13在结直肠癌中功能的背景之下。具体而言，研究聚焦于USP13敲低对MC38小鼠结直肠癌细胞基因表达的影响。通过构建sgRNA介导的USP13敲除（sgUSP13）稳定细胞系与阴性对照（NC）稳定细胞系，研究者希望从转录组水平捕捉USP13缺失所引发的表达谱改变。这一设计旨在为理解USP13在肿瘤进展、免疫应答及免疫治疗耐药中的角色提供分子层面的线索。数据集标题中提及“USP13 Stabilizes SOCS1 to Reverse alpha-PD-1 Resistance in MSI-H Colorectal Cancer”，进一步提示该转录组数据与USP13稳定SOCS1并逆转MSI-H结直肠癌中alpha-PD-1耐药这一研究方向相关。
【数据内容】
该数据集属于转录组数据集，主题标签为“Raw sequence reads”，即原始测序读段。数据内容来自对sgUSP13组与NC组MC38小鼠结直肠癌细胞进行的RNA测序。通过比较两组，研究者旨在识别差异表达基因，从而揭示USP13缺失所驱动的潜在分子机制。这些机制涉及肿瘤进展、免疫应答以及免疫治疗耐药等方面。除上述信息外，关于样本数量、测序平台、读长、数据量、具体差异基因列表等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为ncbi.nlm.nih.gov。根据源站描述，该转录组数据集是为探索USP13敲低在MC38小鼠结直肠癌细胞中引起的基因表达变化而生成。研究者构建了稳定MC38细胞系，包括sgRNA介导的USP13敲除（sgUSP13）和阴性对照（NC），随后进行RNA测序以鉴定sgUSP13与NC组之间的差异表达基因。关于具体的采集时间、实验地点、操作人员、测序仪器型号及试剂批次等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组层面的差异表达分析，可用于研究USP13缺失对MC38小鼠结直肠癌细胞基因表达谱的影响。潜在应用场景包括：探索USP13在肿瘤进展中的分子机制、分析其与免疫应答的关联、以及研究其在免疫治疗耐药中的作用。由于主题标签为“Raw sequence reads”，该数据也可作为原始读段用于重新比对、定量和下游生物信息学分析。此外，对于关注MSI-H结直肠癌及alpha-PD-1耐药机制的研究者，该数据集可能提供与USP13-SOCS1轴相关的转录组线索。但具体适用性需结合源站提供的原始数据与分析文档进一步判断。
【使用方法】
该数据集以原始测序读段形式提供，使用者通常需要经过质控、比对、定量和差异表达分析等标准转录组分析流程。分析时可将sgUSP13组与NC组进行比较，以识别差异表达基因，并进一步开展功能富集、通路分析或免疫相关分析。由于数据集主题涉及USP13缺失、肿瘤进展、免疫应答及免疫治疗耐药，使用者可根据研究目的选择相应的分析策略。关于数据的具体下载方式、文件格式、参考基因组版本及推荐分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于稳定细胞系构建与RNA测序，设计上包含sgUSP13组与NC组的比较，有助于识别USP13缺失相关的表达变化。然而，关于测序深度、重复数、批次效应、数据质量控制指标等信息，源站未提供。此外，该数据集来源于MC38小鼠结直肠癌细胞模型，其结果能否直接推广至人类MSI-H结直肠癌或其他肿瘤类型，需谨慎评估。数据集标题虽提及USP13稳定SOCS1及逆转alpha-PD-1耐药，但该转录组数据本身是否足以支撑这些结论，需结合源站提供的完整研究信息判断。其他潜在限制，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制及版权信息，源站未提供。使用者在利用该数据集时，应直接访问ncbi.nlm.nih.gov获取相关说明，并遵循源站发布的具体要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1314749
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该转录组数据集旨在探究MC38小鼠结直肠癌细胞中USP13敲低相关的基因表达变化。构建了sgRNA介导的USP13敲除（sgUSP13）和阴性对照（NC）的稳定MC38细胞系。通过RNA测序来鉴定sgUSP13组与NC组之间的差异基因表达。该分析旨在揭示由USP13缺失驱动的潜在分子机制，包括其在肿瘤进展、免疫应答及免疫治疗耐药中的作用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
