PRJDB13316:研究胃肠道肿瘤中miRNA的2'-O-甲基化修饰功能

该数据集围绕胃肠道肿瘤研究展开。源站描述写明,研究目的是探究 miRNA 的 2OMe 修饰在胃肠道肿瘤中的功能。研究对象涉及胰腺癌和结直肠癌

ena
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其他分类RNA测序miRNA表达mRNA表达胃肠道肿瘤胰腺癌结直肠癌靶基因分析功能研究
PRJDB13316: Investigating the function of 2OMe modification of miRNAs in gastrointestinal cancers.

基本信息

模态
其他
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

PRJDB13316:研究胃肠道肿瘤中miRNA的2'-O-甲基化修饰功能

该数据集编号为 PRJDB13316,名称为“Investigating the function of 2OMe modification of miRNAs in gastrointestinal cancers”,来源于 ebi.ac.uk,聚焦胃肠道肿瘤中 miRNA 的 2OMe 修饰功能,并涉及胰腺癌与结直肠癌中 miRNA 靶向 mRNA 及 2OMe 修饰 miRNA 表达水平的研究;在本站被归入“肿瘤 / 其他”类别。

【数据集背景】

该数据集围绕胃肠道肿瘤研究展开。源站描述写明,研究目的是探究 miRNA 的 2OMe 修饰在胃肠道肿瘤中的功能。研究对象涉及胰腺癌和结直肠癌。研究关注 miRNA 所靶向的 mRNA,以及 2OMe 修饰的 miRNA 在胰腺癌和结直肠癌中的表达水平。除上述信息外,关于研究背景、疾病选择依据、2OMe 修饰的生物学机制、既往研究基础以及研究假设等内容,源站未提供。

【数据内容】

根据源站描述,该数据集涉及的内容包括检测 miRNA 靶向的 mRNA 的表达水平,以及检测 2OMe 修饰的 miRNA 的表达水平;这些检测在胰腺癌和结直肠癌中开展。换言之,数据内容与胰腺癌、结直肠癌中 miRNA 靶向 mRNA 和 2OMe 修饰 miRNA 的表达水平相关。至于数据的具体组成,例如样本数量、癌种分组、检测平台、测序或芯片类型、原始数据与处理后数据的文件格式、表达矩阵、注释文件、统计结果等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据来源于 ebi.ac.uk。源站描述说明研究检测了胰腺癌和结直肠癌中 miRNA 靶向 mRNA 与 2OMe 修饰 miRNA 的表达水平。除此之外,关于样本采集地点、伦理审批、受试者或样本来源、实验方法、检测平台、数据提交者、提交时间、更新历史等采集与来源信息,源站未提供。

【适用场景】

源站未提供该数据集的具体适用场景或推荐分析任务。根据源站描述,其研究主题涉及胃肠道肿瘤中 miRNA 的 2OMe 修饰功能,并检测了胰腺癌和结直肠癌中 miRNA 靶向 mRNA 与 2OMe 修饰 miRNA 的表达水平。除这一主题范围外,关于该数据集可用于哪些具体研究、临床或产业场景,源站未提供。

【使用方法】

关于如何使用该数据集,例如访问入口、下载方式、数据格式、预处理流程、分析软件、参数设置、复现步骤以及配套代码等,源站未提供。使用者如需进一步了解,可前往 ebi.ac.uk 查看编号 PRJDB13316 的相关页面。

【质量与限制】

关于数据质量,例如样本量、数据完整性、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应、质控指标、验证实验等,源站未提供。关于限制,源站未提供明确说明。可以确认的是,该数据集的描述集中在胃肠道肿瘤中 miRNA 的 2OMe 修饰功能,并涉及胰腺癌和结直肠癌中 miRNA 靶向 mRNA 及 2OMe 修饰 miRNA 的表达水平;除此之外,本介绍无法依据源站信息进一步判断其质量高低或适用范围。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,编号为 PRJDB13316,名称为“Investigating the function of 2OMe modification of miRNAs in gastrointestinal cancers”。关于引用格式、许可协议、使用条款、数据共享限制、是否需要授权以及商业使用规定等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB13316

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们旨在探究 miRNAs 的 2OMe 修饰在胃肠癌中的功能。我们检测了胰腺癌和结直肠癌中由 miRNAs 靶向的 mRNAs 以及 2OMe 修饰 miRNAs 的表达水平。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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