原发性非典型畸胎样横纹肌样瘤单细胞RNA测序数据集
该数据集是一个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，包含来自三名患者的原发性非典型畸胎样/横纹肌样瘤（ATRT）新鲜肿瘤样本的基因表达数据，数据模态为单细胞转录组数据。它通过10x Genomics平台生成，经过质控、整合和聚类处理，主要用于研究ATRT的肿瘤异质性、细胞亚群分类和分子特征，支持癌症生物学、单细胞分析和精准医疗等领域的研究。
基本信息
资源简介
原发性非典型畸胎样横纹肌样瘤单细胞RNA测序数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《primary ATRT single cell RNA-seq》。源站首次发布：2023-04-27。
【数据内容】
源站原始描述：Seurat object stored in RDS file format. Three fresh tumor samples (respectively from INI254, INI255 and INI267) were prepared and loaded in 10x Chromium instrument (10x Genomics). Libraries were prepared using a Single Cell 3’ Reagent Kit (V2 chemistry, 10X Genomics) and sequenced on an Illumina HiSeq2500 using paired-end 26x98 bp as sequencing mode, targeting at least 50 000 reads par cell. Mapping and UMI counting per gene were performed using cellranger tool (version 3.1.0) and the hg19 refe…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 402.39 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.20134535.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Cancer genetics、Paediatrics not elsewhere classified、Solid tumours、Cancer cell biology。主题标签：rhabdoid tumours、ATRT、single cell RNA-seq、Cancer Genetics、Paediatrics、Solid Tumours、Cancer Cell Biology。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Cancer genetics、Paediatrics not elsewhere classified、Solid tumours、Cancer cell biology。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/primary_ATRT_single_cell_RNA-seq/20134535
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：ANDRIANTERANAGNA, Mamy; Lobon-Iglesias, Maria-Jesus; Han, Zhi-Yan; Servant, Nicolas; Bourdeaut, Franck (2023). primary ATRT single cell RNA-seq. figshare. Dataset
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
源站：https://figshare.com/articles/dataset/primary_ATRT_single_cell_RNA-seq/20134535/1
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数据说明
该数据集是一个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，专门针对原发性非典型畸胎样/横纹肌样瘤（ATRT）的新鲜肿瘤样本。数据包含来自三名患者（INI254、INI255、INI267）的肿瘤样本，使用10x Genomics Chromium平台（V2化学）进行单细胞分离和文库构建，并在Illumina HiSeq2500上以配对末端模式进行测序。数据处理包括使用cellranger（v3.1.0）比对到hg19参考基因组进行UMI计数，并通过质量控制过滤低基因数和线粒体基因高比例的细胞。数据整合使用Seurat v3中的CCA方法，聚类采用Louvain算法（分辨率0.2）。该数据集主要用于研究ATRT的肿瘤异质性、细胞亚群和分子机制，适用于癌症生物学、单细胞转录组学和精准医疗等方向。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
