PDC:延世癌症中心 - TNBC

主题标签:肿瘤、其他、癌症蛋白质组学、PDC、CPTAC。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖肿瘤。本数据集为肿瘤领域的基因组公开数据集,来源:pdc,主题涵盖肿瘤。

pdc
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基因组分类肿瘤其他癌症蛋白质组学PDCCPTAC
PDC: Yonsei Cancer Center - TNBC

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

PDC:延世癌症中心 - TNBC

PDC: Yonsei Cancer Center - TNBC 是一个面向肿瘤研究领域的公开蛋白质组学数据集,归属于国际癌症蛋白质基因组联盟(International Cancer Proteogenome Consortium)框架下的 PDC(Proteomic Data Commons)项目。该数据集聚焦于三阴性乳腺癌(TNBC),由延世癌症中心(Yonsei Cancer Center)贡献,属于癌症蛋白质组学(Cancer Proteomics)数据资源,与 CPTAC 体系相关联。作为肿瘤领域的公开数据集,其主题涵盖肿瘤及肿瘤相关蛋白质组学研究,可为研究者提供来自特定机构的癌症蛋白质组学数据支持。该数据集在 PDC 平台上发布,来源站为 proteomic.datacommons.cancer.gov,适合用于肿瘤蛋白质组学的探索性分析与二次研究。

【数据集背景】

该数据集隶属于国际癌症蛋白质基因组联盟(International Cancer Proteogenome Consortium)项目体系,是 PDC(Proteomic Data Commons)平台上的一个癌症蛋白质组学数据集。其英文名称为 PDC: Yonsei Cancer Center - TNBC,表明数据由延世癌症中心(Yonsei Cancer Center)提供,并以三阴性乳腺癌(TNBC)为核心研究对象。该数据集与 CPTAC(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium)体系相关联,属于肿瘤蛋白质组学领域的公开数据资源。在分类上,该数据集被归入肿瘤 / 其他类别,主题标签为 International Cancer Proteogenome Consortium。整体而言,该数据集是国际癌症蛋白质基因组联盟框架下,由延世癌症中心贡献的 TNBC 蛋白质组学数据集合。

【数据内容】

该数据集为癌症蛋白质组学数据集(Cancer proteomics dataset),与 PDC/CPTAC 相关。其主题涵盖肿瘤,具体聚焦于三阴性乳腺癌(TNBC)。数据集内容属于蛋白质组学范畴,来源于延世癌症中心。关于数据的具体样本数量、蛋白质鉴定数目、定量指标、临床注释字段、组学层次细节等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 proteomic.datacommons.cancer.gov,即 PDC(Proteomic Data Commons)平台。数据由延世癌症中心(Yonsei Cancer Center)贡献,属于国际癌症蛋白质基因组联盟(International Cancer Proteogenome Consortium)项目下的癌症蛋白质组学数据。关于样本采集的具体时间、地点、队列设计、伦理审批信息、样本处理流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤领域的蛋白质组学研究,尤其是与三阴性乳腺癌(TNBC)相关的癌症蛋白质组学分析。可作为 PDC/CPTAC 体系下的公开数据资源,用于肿瘤蛋白质组学的探索性研究、方法验证或与其他公开组学数据的整合分析。关于具体的适用分析类型、可支持的科研问题范围等,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过来源站 proteomic.datacommons.cancer.gov 访问和获取。作为 PDC 平台上的公开数据集,用户可依据 PDC 平台的一般使用方式检索、浏览和下载相关数据。关于具体的下载格式、数据访问权限、API 接口、分析工具推荐等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 PDC 平台上的公开癌症蛋白质组学数据集,归属于国际癌症蛋白质基因组联盟项目。关于数据质量评估指标、样本量、覆盖度、批次效应、技术重复、数据完整性等具体质量信息,源站未提供。关于数据使用的限制条件、适用范围边界等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 proteomic.datacommons.cancer.gov,属于 PDC 项目下的公开数据资源。关于具体的引用格式、许可协议、使用条款、数据共享政策等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://proteomic.datacommons.cancer.gov/pdc/study/efb36b75-fe3a-4ec8-9e01-bc6d3542fbe5

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

PDC project Yonsei Cancer Center - TNBC. Program: International Cancer Proteogenome Consortium. Cancer proteomics dataset (PDC/CPTAC).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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