结肠组织（肿瘤与非肿瘤）磷酸化蛋白质组数据 [Reanalysis: JPST000210]

该数据集为结肠组织（肿瘤与非肿瘤）的磷酸化蛋白质组数据，来源于20例结直肠癌患者的20份肿瘤组织和20份癌旁正常组织。采用IMAC富集磷酸肽并结合SCX-RP-MS/MS分析，结果通过Mascot搜索UniProt数据库，并在肽段水平以1% FDR阈值过滤

omicsdi

时间序列分类Proteomics

JPST000210-2 Phosphoproteomics data of colon tissues (tumor and non-tumor) [Reanalysis: JPST000210]

基本信息

模态

时间序列

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

结肠组织（肿瘤与非肿瘤）磷酸化蛋白质组数据 [Reanalysis: JPST000210]

该数据集为结肠组织（肿瘤与非肿瘤）的磷酸化蛋白质组数据，来源于20例结直肠癌患者的20份肿瘤组织和20份癌旁正常组织。研究采用IMAC富集磷酸肽并结合SCX-RP-MS/MS分析，所得结果通过Mascot搜索UniProt数据库，并在肽段水平以1% FDR阈值进行过滤。该数据集以PX完整提交格式保存，并将在相关jPOST项目中进一步用于生成定制数据库。其主题标签为蛋白质组学，本站分类归入肿瘤/其他，来源站为omicsdi.org。

【数据集背景】

结直肠癌是全球范围内常见的恶性肿瘤之一，对其肿瘤组织与癌旁正常组织在蛋白质磷酸化层面的差异进行研究，有助于理解肿瘤发生发展中的信号通路异常。该数据集正是围绕这一背景，对20例结直肠癌患者的肿瘤组织和配对癌旁正常组织开展磷酸化蛋白质组分析，旨在提供可用于后续数据库构建和深入挖掘的磷酸化位点与肽段信息。

【数据内容】

该数据集包含结肠组织（肿瘤与非肿瘤）的磷酸化蛋白质组数据，具体涵盖20份肿瘤组织和20份癌旁正常组织，共计40份样本。数据内容涉及通过IMAC富集获得的磷酸肽，以及经SCX-RP-MS/MS分析后产生的质谱数据。鉴定结果通过Mascot搜索UniProt数据库获得，并在肽段水平以1% FDR阈值过滤。数据集以PX完整提交格式组织，主题标签为Proteomics。

【采集与来源】

样本来源于20例结直肠癌患者，每例患者提供一份肿瘤组织和一份癌旁正常组织。磷酸肽富集采用IMAC方法，随后进行SCX-RP-MS/MS分析。原始数据经Mascot搜索UniProt数据库，并针对随机诱饵数据库在肽段水平进行1% FDR过滤。该数据集来源站为omicsdi.org，属于肿瘤/其他分类，并作为JPST000210的再分析版本，标注为JPST000210-2。

【适用场景】

该数据集适用于结直肠癌磷酸化蛋白质组的比较分析，可用于研究肿瘤与癌旁正常组织之间磷酸肽和磷酸化位点的差异。由于其以PX完整提交格式保存，并计划用于生成定制数据库，因此也适合作为蛋白质组学数据库构建、磷酸化位点鉴定流程评估以及结直肠癌相关信号通路研究的参考数据。

【使用方法】

使用者可基于该数据集中的磷酸化蛋白质组鉴定结果，结合UniProt数据库注释，对肿瘤与正常组织中的磷酸肽进行定量或定性比较。由于数据经过Mascot搜索和1% FDR过滤，可直接用于下游生物信息学分析。若需复现或扩展分析，应参考PX完整提交格式的原始文件，并遵循相应的蛋白质组学数据处理流程。源站未提供具体软件参数、归一化方法或统计模型等操作细节。

【质量与限制】

该数据集在肽段水平采用1% FDR阈值过滤，以控制假阳性率。样本量为20例患者、40份组织，属于中等规模研究。然而，源站未提供关于样本采集、临床信息、实验重复次数、定量方法或批次效应等方面的详细说明。此外，该数据集为再分析版本，其原始项目描述中提及将用于生成定制数据库，但未说明该定制数据库的具体构建结果或验证情况。因此，使用者在解释结果时需注意这些未覆盖的信息限制。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用文献、许可协议或使用条款。使用者应参考来源站omicsdi.org及原始项目JPST000210的相关页面，以获取可能的引用要求和许可信息。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/jpost/RPXD034740

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源站：https://omicsdi.org/dataset/jpost/RPXD034740

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用基于IMAC的磷酸肽富集结合SCX-RP-MS/MS技术，对来自20例患者（20个肿瘤组织及20个癌旁正常组织）的结直肠癌组织进行了磷酸化蛋白质组分析。所得结果通过Mascot软件在UniProt数据库中进行搜索，并通过在肽段水平上搜索随机诱饵数据库，以1%的错误发现率（FDR）阈值对鉴定出的肽段进行过滤。该数据集将以PX完整提交格式，在本jPOST项目中进一步用于生成定制数据库。[原始项目描述]

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别