人与小鼠视网膜空间蛋白质组图谱

主题标签:空间蛋白质组、视网膜、人类、小鼠、肿瘤、胰腺癌。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖空间蛋白质组。本数据集为肿瘤领域的蛋白质公开数据集,来源:google_dataset,主题涵盖空间蛋白质组。

google_dataset
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蛋白质空间蛋白质组视网膜人类小鼠肿瘤胰腺癌
Human and Mouse Retina Spatial Proteomics Atlas

基本信息

模态
蛋白质
创建/更新时间
2026-10-30

资源简介

人与小鼠视网膜空间蛋白质组图谱

Human and Mouse Retina Spatial Proteomics Atlas 是一个公开的空间蛋白质组数据集,主题标签涵盖空间蛋白质组、视网膜、人类、小鼠、肿瘤与胰腺癌。该数据集在分类上归入肿瘤 / 其他,来源站为 ebi.ac.uk。从源站描述看,其关联项目为 Jongmin Woo 的“High-Sensitive Spatial Proteomics for Pancreatic Cancer Progression Analysis”。数据集名称指向人与小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱,而源站描述则指向胰腺癌进展分析中的高灵敏空间蛋白质组研究,二者共同构成本数据集对外呈现的主题范围。以下依据可获得的信息,对该数据集作分段介绍。

【数据集背景】

空间蛋白质组是蛋白质组学中关注蛋白质在组织空间位置上分布特征的研究方向,常用于在保留组织结构的前提下考察不同区域、不同细胞群体或不同病理状态下的蛋白质组成差异。该数据集以“Human and Mouse Retina Spatial Proteomics Atlas”为英文名,主题标签同时包含空间蛋白质组、视网膜、人类、小鼠、肿瘤与胰腺癌,说明其对外定位横跨视网膜组织与肿瘤研究两个方向。数据集被归入肿瘤 / 其他分类,来源站为 ebi.ac.uk,源站描述指向胰腺癌进展分析相关的高灵敏空间蛋白质组工作。上述信息构成了该数据集在公开目录中的基本背景。

【数据内容】

该数据集的主题标签包括空间蛋白质组、视网膜、人类、小鼠、肿瘤、胰腺癌。数据集英文名表明其内容涉及人类与小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱;源站描述则表明其关联一项针对胰腺癌进展分析的高灵敏空间蛋白质组研究。关于具体的样本数量、蛋白鉴定数目、组织切片数量、空间分辨率、定量指标以及数据文件类型等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ebi.ac.uk,源站描述中给出的项目链接为 https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD060378,关联描述为 Jongmin Woo 的“High-Sensitive Spatial Proteomics for Pancreatic Cancer Progression Analysis [Dataset]”。关于样本采集方式、实验流程、仪器平台、试剂与质谱参数等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

依据主题标签与分类,该数据集可面向空间蛋白质组相关研究使用,涉及视网膜组织在人类与小鼠中的空间蛋白质组图谱,也可关联到肿瘤领域,尤其是胰腺癌进展分析方向。其公开属性使其可用于方法参考、主题检索与相关研究的对照查阅。关于具体的适用分析任务、验证用途或基准测试场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 ebi.ac.uk 公开提供,源站描述中给出了项目访问链接。关于数据下载方式、文件组织格式、检索接口、使用协议以及配套分析工具等具体使用说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为公开数据集,来源站为 ebi.ac.uk,并带有明确的项目标识与描述信息。需要说明的是,数据集名称指向人与小鼠视网膜空间蛋白质组图谱,而源站描述指向胰腺癌进展分析的高灵敏空间蛋白质组研究,两者在主题上存在差异,使用时应以源站项目页面所载信息为准。关于数据完整性、定量准确性、批次效应、样本代表性等质量指标,源站未提供。

【引用与许可】

源站描述中给出的引用信息为:Jongmin Woo, High-Sensitive Spatial Proteomics for Pancreatic Cancer Progression Analysis [Dataset], https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD060378。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD060378

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Jongmin Woo, High-Sensitive Spatial Proteomics for Pancreatic Cancer Progression Analysis [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD060378

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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