TCGA-THCA 系列的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一批图像和/或图像衍生数据。该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录

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2026-01-01 更新
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医学影像分类肿瘤甲状腺癌TCGA-THCADICOM全切片显微图像IDC
DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-THCA collection

基本信息

模态
医学影像
大小
0.000400727 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 3.0 Unported
创建/更新时间
2026-01-01

资源简介

TCGA-THCA 系列的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集英文名为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-THCA collection,对应美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一批图像和/或图像衍生数据,由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。其来源站为 doi.org,机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年,作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey。数据集在分类上属于肿瘤 / 其他,许可为 Creative Commons Attribution 3.0 Unported。整体而言,该数据集围绕 TCGA-THCA 集合的幻灯片显微图像展开,并以 DICOM 形式提供,便于在 IDC 门户中探索和可视化,并通过相应清单下载。

【数据集背景】

该数据集对应美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一批图像和/或图像衍生数据,由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。其英文名称为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-THCA collection,属于肿瘤 / 其他分类。来源站为 doi.org,机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。源站描述指出,该数据集对应于可从美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)获取的图像和/或图像衍生数据集合,并已由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。该数据集与 The Cancer Genome Atlas-Thyroid Cancer(TCGA-THCA)数据集合相关,而 TCGA-THCA 数据集合是增强 TCGA 数据集、补充表征放射学图像这一更大努力的一部分。The Cancer Imaging Program(CIP)与若干 TCGA 组织贡献机构合作,致力于归档经基因分析的 THCA 病例的很大一部分放射学图像。关于 TCGA-THCA 的更多信息,源站提示可参见 TCGA-THCA 页面。

【数据内容】

该数据集为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-THCA collection,即面向 TCGA-THCA 集合的、转换为 DICOM 表示的幻灯片显微图像。源站描述表明,该数据集对应于一批图像和/或图像衍生数据,这些数据可从美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)获取,并由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。数据集涉及 TCGA-THCA 数据集合,该集合是增强 TCGA 数据集工作的一部分,旨在补充表征放射学图像。The Cancer Imaging Program(CIP)与若干 TCGA 组织贡献机构合作,归档经基因分析的 THCA 病例的很大一部分放射学图像。关于该数据集所包含图像的具体数量、模态细节、切片层级、分辨率、文件规模、病例数等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC),由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。其来源站为 doi.org,机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。源站描述指出,该数据集对应于可从 IDC 获取的图像和/或图像衍生数据集合,并可通过 IDC Portal 探索和可视化相应图像。TCGA-THCA 数据集合是增强 TCGA 数据集这一更大努力的一部分,The Cancer Imaging Program(CIP)与若干 TCGA 组织贡献机构合作,归档经基因分析的 THCA 病例的很大一部分放射学图像。关于具体的采集设备、扫描参数、采集时间、采集地点、伦理审批与患者知情同意等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于在 IDC Portal 中探索和可视化相应的幻灯片显微图像,并可通过 Zenodo 记录中包含的清单,按照下载说明下载该集合。由于其与 TCGA-THCA 数据集合相关,且 TCGA-THCA 是增强 TCGA 数据集、补充表征放射学图像工作的一部分,该数据集可服务于与甲状腺癌相关的图像数据探索、可视化与下载获取等用途。关于具体的科研分析场景、算法训练、临床决策支持或其他特定应用,源站未提供。

【使用方法】

源站描述指出,可以使用 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。可以使用 Zenodo 记录中包含的清单,按照下载说明下载该集合。该数据集已由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录,因此其使用方式与 DICOM 表示相关。关于具体的软件环境、读取工具、数据处理流程、清单字段含义、下载步骤细节等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录,源站描述称其对应于可从美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)获取的图像和/或图像衍生数据集合。关于数据质量、完整性、标注准确性、偏倚、缺失情况、适用范围限制、技术限制等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey。机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年,来源站为 doi.org。许可为 Creative Commons Attribution 3.0 Unported。关于具体的引用格式、DOI 编号、版本信息等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.22837411

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 400.7 KB。

数据说明

本数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一系列图像及/或源自图像的数据。该数据集已被IDC团队转换为DICOM格式并录入。您可以通过IDC门户探索并可视化相应的图像。利用本Zenodo记录中包含的清单文件,按照下方下载指南即可下载该数据集。甲状腺癌癌症基因组图谱(TCGA-THCA)数据收集是旨在通过特征性放射学图像增强TCGA http://cancergenome.nih.gov/ 数据集的更大规模工作的一部分。癌症影像计划(CIP)与几个TCGA组织贡献机构合作,正致力于归档大量经遗传分析的THCA病例的放射学图像。请访问TCGA-THCA页面,了解有关图像的更多信息并获取此集合的任何支持性元数据。包含的文件清单文件名指示了首次引入集合数据版本的IDC数据发布。

例如,tcga_thca-idc_v22-aws.s5cmd 对应于 IDC 数据发布 v22 中引入的 tcga_thca 集合的内容。tcga_thca-idc_v25-aws.s5cmd:AWS 下载清单 tcga_thca-idc_v25-gcs.s5cmd:GCS 下载清单 tcga_thca-idc_v25-dcf.dcf:DCF 下载清单 以 -aws.s5cmd 结尾的清单文件引用 Amazon Web Services (AWS) 存储桶中的文件;以 -gcs.s5cmd 结尾的清单文件引用 Google Cloud Storage 中的文件。实际文件完全相同,并在 AWS 和 GCP 之间镜像。下载说明 每个清单文件的头部都包含有关如何下载其中包含的文件的说明。要使用 .s5cmd 清单下载文件:安装 idc-index:pip install --upgrade idc-index 下载此数据集中包含的清单所引用的文件:idc download manifest.s5cmd 要使用 .dcf 清单下载文件,请参阅清单头部。如有问题或需要帮助,请联系 s

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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