TCGA-KICH 系列的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录

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2026-10-07 更新
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医学影像分类肿瘤TCGA-KICHDICOM幻灯片显微图像IDC肾嫌色细胞癌
DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-KICH collection

基本信息

模态
医学影像
大小
0.000113646 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 3.0 Unported
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

TCGA-KICH 系列的 DICOM 转换幻灯片显微图像

DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-KICH collection 是一个面向肿瘤研究领域的公开影像数据集,对应美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)所提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并完成收录,用户可通过 IDC Portal 对相应图像进行浏览与可视化。数据集归属于 TCGA-KICH(肾嫌色细胞癌)采集项目,是 TCGA 影像增强工作的一部分,相关记录发布在 Zenodo 平台上,采用知识共享署名 3.0 未移植版许可协议开放获取。整体而言,该数据集为肾嫌色细胞癌相关的显微幻灯片影像研究提供了经过标准化转换的 DICOM 格式资源。

【数据集背景】

该数据集的全称为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-KICH collection,属于肿瘤领域的“其他”类别。其来源站为 doi.org,发布机构为 Zenodo。从背景上看,该数据集是 The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据增强工作的一部分。TCGA-KICH 即癌症基因组图谱-肾嫌色细胞癌(Kidney Chromophobe)数据采集项目,属于一项更大规模工作的组成部分,该工作的目标是为 TCGA 数据集补充经过特征描述的放射学图像。癌症影像计划(CIP)与多家参与 TCGA 组织贡献的机构合作,对经过基因分析的 KICH 病例的大部分放射学图像进行了归档。该数据集即在这一框架下形成,并由 IDC 团队完成 DICOM 表示的转换与收录。

【数据内容】

该数据集对应一组图像和/或图像衍生数据,具体为针对 TCGA-KICH 采集的 Slide Microscopy(幻灯片显微)图像,并已转换为 DICOM 表示。数据集包含可供下载的清单文件(manifests),这些清单收录在相应的 Zenodo 记录中,用户可依据下载说明获取整个采集内容。关于图像的具体数量、分辨率、切片层级、文件体积等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC),由 IDC 团队完成 DICOM 格式转换与收录。其原始数据属于 TCGA-KICH 采集项目,该项目由癌症影像计划(CIP)与多家 TCGA 组织贡献机构合作归档,涵盖经过基因分析的肾嫌色细胞癌病例的影像资料。数据集的作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey。发布时间为 2026 年。关于具体的采集设备、扫描参数、时间跨度等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肾嫌色细胞癌相关的影像研究,尤其是需要以 DICOM 标准格式处理幻灯片显微图像的应用场景。用户可借助 IDC Portal 对相应图像进行探索与可视化。作为 TCGA 影像增强工作的一部分,该数据集可用于与经过基因分析的 KICH 病例相关联的影像分析研究。关于更具体的适用场景、推荐分析任务或配套工具,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 IDC Portal 探索和可视化该数据集对应的图像。如需下载整个采集内容,可使用收录在相应 Zenodo 记录中的清单文件,并按照下载说明进行操作。关于具体的下载步骤、软件环境要求或数据处理流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录,其原始来源为 TCGA-KICH 采集项目。关于数据质量评估、标注完整性、潜在偏差或使用限制等信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可协议,允许在署名条件下使用。作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey,发布机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。关于具体的引用格式或推荐引用文本,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.22837371

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 113.6 KB。

数据说明

本数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一系列图像及/或源自图像的数据。该数据集已被IDC团队转换为DICOM格式并收录。您可以通过IDC门户探索并可视化相应的图像。利用本Zenodo记录中包含的清单文件,按照下方下载指南即可下载整个数据集。癌症基因组图谱-肾嫌色细胞癌(TCGA-KICH)数据收集是增强癌症基因组图谱(TCGA)https://cancergenome.nih.gov/ 数据集,加入特征化放射学图像这一更大努力的一部分。癌症影像计划(CIP)与多个TCGA组织贡献机构合作,已归档了大量经遗传分析的KICH病例的放射学图像。请访问TCGA-KICH页面,了解有关图像的更多信息并获取此集合的任何支持元数据。包含的文件:清单文件的名称指示了首次引入集合数据版本的IDC数据发布。

例如,tcga_kich-idc_v22-aws.s5cmd 对应于 IDC 数据版本 v22 中引入的 tcga_kich 集合的内容。tcga_kich-idc_v25-aws.s5cmd:AWS 下载清单 tcga_kich-idc_v25-gcs.s5cmd:GCS 下载清单 tcga_kich-idc_v25-dcf.dcf:DCF 下载清单 以 -aws.s5cmd 结尾的清单文件引用 Amazon Web Services (AWS) 存储桶中的文件;以 -gcs.s5cmd 结尾的清单文件引用 Google Cloud Storage 中的文件。实际文件完全相同,并在 AWS 和 GCP 之间镜像。下载说明 每个清单文件的头部都包含有关如何下载其中包含的文件的说明。要使用 .s5cmd 清单下载文件:安装 idc-index:pip install --upgrade idc-index 下载此数据集中包含的清单所引用的文件:idc download manifest.s5cmd 要使用 .dcf 清单下载文件,请参阅清单头部。如有疑

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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