小鼠背部和尾部皮肤基因表达架构揭示炎症与癌症功能差异数据
该数据集来自ebi.ac.uk，包含470只遗传背景独特小鼠正常成年皮肤的转录组芯片数据，覆盖背部与尾部皮肤，并涉及炎症诱导或肿瘤发生扰动
基本信息
资源简介
小鼠背部和尾部皮肤基因表达架构揭示炎症与癌症功能差异数据
Gene expression architecture of mouse dorsal and tail skin reveals functional differences in inflammation and cancer
该数据集来自ebi.ac.uk，包含470只遗传背景独特小鼠正常成年皮肤的转录组芯片数据，覆盖背部与尾部皮肤，并涉及炎症诱导或肿瘤发生扰动。数据可用于分析个体间基因表达差异、构建共表达网络，比较不同皮肤部位在细胞类型相关基因网络及Shh、Wnt、Lgr家族干细胞标志物和角蛋白等信号通路上的差异，为研究皮肤炎症与肿瘤发生的功能差异提供资源（来源 BioStudies）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：正常组织中的基因表达水平可因顺式或反式遗传多态性而在个体间存在显著差异。分析遗传背景不同个体群体中的这种变异，使我们能够在正常稳态条件下可视化共表达基因网络，以及组织损伤或疾病发展所致扰动的后果。在此，我们探索了来自470只遗传独特小鼠的正常成年皮肤中的基因表达网络，并证明信号通路架构依赖于皮肤组织位置（背部或尾部皮肤）以及炎症或肿瘤发生诱导的扰动。与特定细胞类型相关的基因网络，以及包括Sonic Hedgehog（Shh）、Wnt、Lgr家族干细胞标志物和角蛋白在内的信号通路在这些组织部位存在差异，提示了差异的机制
【主题与分类】
主题标签：transcription profiling by array、Mus musculus。本站分类：肿瘤。
【获取与许可】
源站页面：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-52650
下载信息
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
David Quigley (2016). Gene expression architecture of mouse dorsal and tail skin reveals functional differences in inflammation and cancer [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-52650
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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