基于微管吸吮的数百个单肿瘤细胞质黏度表征数据
该数据集来自 Dryad,包含基于微管吸吮法测得的数百个单肿瘤细胞的细胞质黏度数据。研究对象包括 H1299、A549 以及经药物处理导致细胞骨架受损的 H1299 细胞,在 -10 kPa 或 -5 kPa 压力下连续吸吮,记录吸吮长度随时间的变化,并依据理论牛顿流体模型换算为细胞质黏度

基本信息
资源简介
基于微管吸吮的数百个单肿瘤细胞质黏度表征数据
Data from: Characterization of cytoplasmic viscosity of hundreds of single tumor cells based on micropipette aspiration
该数据集来自 Dryad,包含基于微管吸吮法测得的数百个单肿瘤细胞的细胞质黏度数据。研究对象包括 H1299、A549 以及经药物处理导致细胞骨架受损的 H1299 细胞,在 -10 kPa 或 -5 kPa 压力下连续吸吮,记录吸吮长度随时间的变化,并依据理论牛顿流体模型换算为细胞质黏度。数据还包含四分位离散系数以评估同一细胞类型内黏度分布,并可用于基于神经网络模式识别对不同细胞类型进行分类。该数据可用于细胞生物物理学研究、肿瘤细胞力学特性分析及分类模型开发(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2019。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):背景:细胞质黏度(μc)是评估细胞骨架状态的关键生物力学参数。以往研究主要集中于白细胞,而肿瘤细胞的细胞质黏度数据缺失。方法:将肿瘤细胞(H1299、A549 及经药物处理导致细胞骨架受损的 H1299)在 -10 kPa 或 -5 kPa 压力下通过微管连续吸吮,获得吸吮长度随时间的变化,并基于理论牛顿流体模型换算为细胞质黏度。量化四分位离散系数以评估同一细胞类型内细胞质黏度的分布,同时使用基于神经网络的模式识别,根据细胞质黏度对不同细胞类型进行分类。结果:单细胞细胞质黏度及三个四分位数和 qu
【主题与分类】
主题标签:Cytoplasmic Viscosity、Cellular Biophysics、Single Tumor Cells、Micropipette Aspiration。本站分类:肿瘤。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.46kk44r
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
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- OpenDataLab:
数据集大小约 142.4 KB。
数据说明
背景:细胞质黏度(μc)是评估细胞骨架状态的关键生物力学参数。以往研究主要集中于白细胞,但肿瘤细胞的细胞质黏度数据尚属空白。方法:在-10 kPa或-5 kPa压力下,通过微管连续抽吸肿瘤细胞(H1299、A549及经药物处理导致细胞骨架受损的H1299),获得抽吸长度随时间的变化曲线,并基于理论牛顿流体模型将其转化为细胞质黏度。采用四分位离散系数评估同一细胞类型内细胞质黏度的分布,同时利用基于神经网络的模式识别技术,根据细胞质黏度对不同细胞类型进行分类。
结果:在-10 kPa条件下,H1299细胞(ncell=652)的单细胞质黏度三个四分位数及四分位离散系数分别为16.7 Pa•S、42.1 Pa•S、110.3 Pa•S和74%;A549细胞(ncell=785)在-10 kPa条件下分别为144.8 Pa•S、489.8 Pa•S、1390.7 Pa•S和81%;经CD处理的H1299细胞(ncell=651)在-10 kPa条件下分别为7.1 Pa•S、13.7 Pa•S、31.5 Pa•S和63%;H1299细胞(ncell=600)在-5 kPa条件下分别为16.9 Pa•S、48.2 Pa•S、150.2 Pa•S和80%。基于神经网络的模式识别实现了以下成功分类率:H1299与A549之间为76.7%,H1299与药物处理的H1299之间为67.0%,H1299在-5 kPa与-10 kPa之间为50.3%。结论:在同一细胞类型内及不同细胞类型间观察到了细胞质黏度的变化,提示细胞质黏度在细胞状态评估和细胞类型分类中可能具有潜在作用。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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