cBioPortal:间皮瘤(TCGA,PanCancer Atlas)
数据为 TCGA PanCancer 项目中的间皮瘤数据,源站提供了原始数据与相关出版物的链接,并列出多个 PMID 标识

基本信息
资源简介
cBioPortal:间皮瘤(TCGA,PanCancer Atlas)
cBioPortal 上的 Mesothelioma (TCGA, PanCancer Atlas) 数据集,是 TCGA PanCancer 项目中间皮瘤相关数据的汇集入口。该数据集在源站以“Mesothelioma (TCGA, PanCancer Atlas)”为标题发布,本站将其归类于肿瘤 / 其他类别,主题标签为 plmeso。源站说明指出,该数据集为间皮瘤 TCGA PanCancer 数据,并提供了原始数据链接与相关出版物链接,同时列出多个 PMID 标识。整体而言,该数据集面向间皮瘤这一相对少见但侵袭性较强的肿瘤类型,依托 TCGA PanCancer Atlas 的多组学框架进行组织,便于研究者在统一的项目背景下检索、浏览和引用间皮瘤样本的分子与临床信息。其核心价值在于将间皮瘤数据纳入泛癌分析体系,为跨癌种比较和间皮瘤专项研究提供数据基础。
【数据集背景】
间皮瘤是一种与石棉暴露等环境因素密切相关的肿瘤,在胸部肿瘤中相对少见,但恶性程度较高,临床治疗选择有限。TCGA PanCancer Atlas 项目旨在对多种癌症类型进行统一处理和多组学整合,使不同癌种的数据能够在相对一致的流程下进行比较分析。Mesothelioma (TCGA, PanCancer Atlas) 正是这一项目中间皮瘤部分的数据集合。源站描述明确其为“Mesothelioma TCGA PanCancer data”,说明该数据集并非孤立的单癌种资源,而是泛癌项目的一个组成部分。通过 cBioPortal 这一肿瘤基因组数据门户发布,研究者可以借助其浏览、查询和可视化功能,对间皮瘤的分子特征进行探索,并与 PanCancer Atlas 中其他癌种的数据形成参照。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 plmeso,源站标题为“Mesothelioma (TCGA, PanCancer Atlas)”。源站描述仅说明其为间皮瘤 TCGA PanCancer 数据,并给出原始数据与出版物的链接,未进一步展开具体的组学层次、样本数量、临床字段或突变谱细节。因此,关于数据内容的具体构成,例如包含哪些基因组、转录组或表观遗传学数据,以及样本的详细临床注释,源站未提供。可以确认的是,该数据集与 TCGA PanCancer 项目相关,并围绕间皮瘤这一癌种组织。使用者若需了解具体数据文件、样本列表和分子指标,应通过源站提供的原始数据链接进一步获取。
【采集与来源】
该数据集来源于 cbioportal.org,标题为“Mesothelioma (TCGA, PanCancer Atlas)”。源站描述指出,原始数据可在其提供的链接处获取,相关出版物也可通过链接访问。数据集列出的 DOI 字段包含多个 PMID 标识:pmid:29625048、29596782、29622463、29617662、29625055、29625050、29617662、32214244、296。这些标识指向与 TCGA PanCancer Atlas 及间皮瘤相关的出版物。关于样本采集地点、采集时间、纳入标准、伦理审批和具体处理流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于间皮瘤相关的肿瘤基因组学与泛癌比较研究。研究者可以利用 cBioPortal 的浏览与查询功能,查看间皮瘤在 PanCancer Atlas 框架下的数据组织方式,并借助源站提供的原始数据链接开展二次分析。由于该数据集属于 TCGA PanCancer 项目的一部分,它也适合用于跨癌种的分子特征对比、候选基因或通路的探索性分析,以及作为间皮瘤专项研究的公共数据来源之一。此外,对于需要引用 TCGA PanCancer Atlas 相关出版物的研究,该数据集提供的 PMID 标识可作为文献追溯的入口。需要说明的是,具体分析类型和适用范围取决于源站实际提供的数据内容,源站未提供详细说明。
【使用方法】
使用者可通过 cbioportal.org 访问该数据集,标题为“Mesothelioma (TCGA, PanCancer Atlas)”。在源站页面中,可依据主题标签 plmeso 进行识别和检索。源站描述中提供了原始数据链接和出版物链接,使用者可据此获取原始数据并查阅相关文献。关于具体的下载格式、API 调用方式、可视化操作步骤以及数据版本信息,源站未提供。建议使用者直接访问源站页面,按照 cBioPortal 的通用操作流程进行查询、筛选和导出。
【质量与限制】
该数据集依托 TCGA PanCancer Atlas 项目发布,源站提供了原始数据与出版物的链接,并列出多个 PMID 标识,便于溯源和引用。然而,源站描述较为简短,未提供样本量、数据完整性、批次效应、质量控制指标或版本更新记录等信息。因此,关于数据质量的具体评估,源站未提供。使用者在使用时应注意,该数据集的具体内容、覆盖范围和潜在偏差需结合原始数据链接和出版物进行判断。此外,该数据集在本站被归类为肿瘤 / 其他,主题标签为 plmeso,这些分类信息可用于检索,但不代表对数据质量的评价。
【引用与许可】
该数据集列出的 DOI 字段包含多个 PMID 标识:pmid:29625048、29596782、29622463、29617662、29625055、29625050、29617662、32214244、296。这些标识对应相关出版物,使用者应在引用时参考源站提供的出版物链接和 PMID 信息。关于该数据集的具体许可协议、使用条款、再分发限制和商业使用规定,源站未提供。建议使用者访问 cbioportal.org 上的对应页面,查阅源站关于数据使用和引用的通用政策,并以源站提供的信息为准。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=meso_tcga_pan_can_atlas_2018
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Mesothelioma TCGA PanCancer data. The original data is here . The publications are here .
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