GGCX过表达人SH-SY5Y细胞氧糖剥夺再灌注DIA定量蛋白质组数据集
该数据集来自人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞，比较GGCX过表达（GGCXOE）与阴性对照（NC）在常氧或氧糖剥夺1小时后再灌注24小时（OGD1hR24h）条件下的蛋白质组
基本信息
资源简介
GGCX过表达人SH-SY5Y细胞氧糖剥夺再灌注DIA定量蛋白质组数据集
A data-independent acquisition quantitative proteome dataset of human SH-SY5Y cells with GGCX overexpression under oxygen-glucose deprivation/reperfusion
该数据集来自人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞，比较GGCX过表达（GGCXOE）与阴性对照（NC）在常氧或氧糖剥夺1小时后再灌注24小时（OGD1hR24h）条件下的蛋白质组。共四组、每组四个生物学重复，合计16个样本，采用Orbitrap Astral质谱仪结合8分钟超快速色谱梯度的DIA定量蛋白质组学检测，原始数据以DIA-NN（v1.8.1）无库模式检索并用MaxLFQ定量，1%错误发现率下获得151,876条肽段。可用于研究GGCX在缺血性卒中神经保护中的分子机制（来源 DOI 解析，Creative Commons Attribution Non Commercial 4.0 International 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2026。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：缺血性卒中是死亡和残疾的主要原因。γ-谷氨酰羧化酶（GGCX）表达水平可能与缺血性卒中风险存在潜在因果关联，但支撑其神经保护作用的系统性定量蛋白质组数据仍然稀缺。在本数据集中，将GGCX过表达（GGCXOE）和阴性对照（NC）的人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞置于常氧或氧糖剥夺1小时后复氧24小时（OGD1hR24h）条件下，得到四组、每组四个生物学重复（共16个样本）。样本在Orbitrap Astral质谱仪上以8分钟超快速色谱梯度进行数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学检测。原始数据以DIA-NN（v1.8.1）在无库模式下检索，并用MaxLFQ在1%错误发现率下定量，得到151,876条肽段，
【主题与分类】
主题标签：Cytobiology、Biochemistry、Molecular biology、quantitative proteomics、data-independent acquisition (DIA)、gamma-glutamyl carboxylase (GGCX)、oxygen-glucose deprivation/reperfusion、SH-SY5Y cells、ischemic stroke。本站分类：肿瘤。
【获取与许可】
源站页面：https://www.scidb.cn/detail?dataSetId=102913cbd9df4d5f92355110d8eabb4b
使用许可：Creative Commons Attribution Non Commercial 4.0 International。
下载信息
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数据集获取
源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.015g7
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
缺血性脑卒中是导致死亡和残疾的主要原因。γ-谷氨酰羧化酶（GGCX）表达水平与缺血性脑卒中风险存在潜在因果关联，但其神经保护作用背后的系统性定量蛋白质组学数据仍然匮乏。在本数据集中，将过表达GGCX（GGCXOE）和阴性对照（NC）的人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞分别置于常氧或氧糖剥夺1小时后复氧24小时（OGD1hR24h）条件下，得到四组，每组四个生物学重复（共16个样本）。样本在Orbitrap Astral质谱仪上采用8分钟超快速色谱梯度进行数据非依赖性采集（DIA）定量蛋白质组学检测。原始数据使用DIA-NN（v1.8.1）在无库模式下检索，并以1%错误发现率通过MaxLFQ进行定量，最终获得151,876条肽段、12,485个鉴定蛋白和12,291个可靠定量蛋白，并附有GO、KEGG、结构域、亚细胞定位和信号肽信息注释，以及六项两两比较和两项多组比较的差异表达蛋白及其富集分析结果。
该数据集包含八类结果（6,390个文件，约782 MB），在CC BY-NC 4.0许可下共享，为缺血性卒中的机制研究、GGCX功能挖掘、生物标志物筛选和蛋白质组学方法评估提供了可重复使用的资源。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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